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请问扩增子分析的时候保留多少条OTU/ASV比较合适？
不同实验的环境样本，物种复杂度与微生物的数量是不一样的，这个一般是不定的； 环境越复杂，微生物数量多，相应的OTU/ASV相应就对，反之则少； 一般建议过滤掉稀有OTU，丰度小于总测序量的万分之五过滤掉；Bokulich et al., 2013 https://www.nature.com/articles/nmeth.2276?report=reader
回答于 2021-03-01 11:14
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基因家族成员筛选
这些结果也可以保留，也可以删除，文章方法部分说明就好；例如这篇NBS基因家族文章就保留了： Lozano et al. BMC Genomics (2015) 16:360 DOI 10.1186/s12864-015-1554-9
回答于 2021-02-24 16:02
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什么是链特异性文库？
刚接触高通量测序的时候就知道有链特异性建库这么个概念，当时也了解可以利用加U法，但是没有思考其中的细节。最近把这个概念掰开了揉碎了好好理解，终于填上了这个坑。 正式讲之前，有几个概念是要明确的。 DNA 的正链和负链，就是那两条反向互补的链。参考基因组给出的那个链就是所谓的正链（forword），另一条链是反链...
回答于 2021-02-24 15:51
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安装qtlseq后，运行程序出现ModuleNotFoundError: No module nam...
python 的numpy包安装一下吧； 基础不好按照我们的课程来吧，你这样很费劲的； 生物信息入门到精通必修基础课：linux系统使用、docker搭建生物信息分析环境、实验室linux生信分析平台搭建、linux命令处理生物大数据、perl入门到精通、perl语言高级、R语言画图、R语言快速入门与提高、python语言入门到精通
回答于 2021-02-22 18:00