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采用你们课程的：Rscript $scriptdir/gwas_manhattan_plot.r 以及Rscript $scriptdir/qq_plot.r制作Manhattan图和QQ图后，Manhattan图最高的SNP仅仅显示半圆（如下图），请问如何修复（就是修改可视化Manhattan图的纵坐标）

  • John 2025-03-12 15:35
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GWAS做关联区域分析时，根据p值获取关联区域中，为什么要用如下语句以合并P值（此语句是2023.4.10日添加的） cat pvalue.bed region.bed |sort -k1,1 -k2,2n >all.region.bed 合并P值在获取关联区域的作用是什么，可否像之前录像讲的那样不用这个语句吗？

  • John 2025-03-12 15:34
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在筛选GWAS关联区域内的基因时（LDBlock），基因或者SNP与选定的显著关联区域有百分之多少的交集可以定义为关联区域内的基因或者SNP？视频中说是10%，视频说的10%请问通用吗？这个10%是如何计算的？

  • John 2025-03-12 15:32
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老师，二代测序数据可以GWAS分析嘛？植物上做GWAS的话测序深度5X可以嘛？

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lefse分析细节

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想咨询一下老师，这个图大概是咋做出来的，应该用到什么样格式的数据，在网上没搜到教程，主要是需要什么数据，谢谢老师

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卸载重装后docker后为啥docker pull omicsclass/organelle-assembly:v1.0怎么下载不了这个镜像了

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卸载重装后docker后为啥docker pull omicsclass/organelle-assembly:v1.0怎么下载不了这个镜像了

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请问老师。镜像启动是哪里出错了

  • 2025-03-11 21:25
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5 老师这条代码里面INV[0-9]、DUP[0-9]， 0-9是什么意思，输出文件中INV后面跟着的数字代表什么

  • Oho 2025-03-11 19:40
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GWAS分析筛选关联区域

  • John 2025-03-11 18:46
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3 GWAS分析后选择关联区域（基因）

  • John 2025-03-11 17:01
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合并GVCF文件

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itol里面的控制面板control panel 找不到了

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3 GWAS 曼哈顿 Manhattan 图像问题

  • John 2025-03-11 11:30
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3 GWAS分析程序问题

  • John 2025-03-11 09:17
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GWAS分析的问题

  • John 2025-03-10 15:36
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测序文件中提取基因序列

  • bomm 2025-03-09 22:57
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老师这个示例文件夹里没有东西，我cd到01.prepare_data文件夹下里面时候空的

  • Oho 2025-03-09 11:43
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老师 请问这个运行时需要很久吗，上面显示的需要7天

  • Oho 2025-03-08 15:13