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3 共线性分析报错

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bedtools intersect -wo -nonamecheck -F 0.1 -a region_merged.bed -b $vcf >var.txt

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老师您好，在下载的镜像omicsclass/blast-plus中使用hmmsearch显示如下，应该怎么处理呢

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老师您好，如何将TCGA中下载的CNV数据：GDC_Aliquot转为Hugo_Symbol, Segment_Mean转变为拷贝数变异的5个离散值（0：无变化 1：拷贝数增加 2：高水平扩增 -2：纯合性缺失 -1：半合子缺失）。如下图所示

  • moli 2022-02-17 08:58
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老师，我这是结构域所在序列用GeneDoc比对的结果，288个基因比对，没有课程里那纯黑色百分百相似的区域正常吗

  • 2022-02-16 20:51
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老师，MEGA里用WRKY_pep_confirmed.fa和WRKY_domain_confirmed.fa文件做比对都是点击protein吗

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用denovo的方法进行otu聚类的时候报错是什么原因？ killed

  • MZ 2022-02-16 17:17
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利用emmax进行GWAS分析

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老师，请问下两次hmmsearch的结果一样正常吗?

  • 2022-02-15 12:56
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老师，您好，我目前处于GWAS新手状态中，您能叫我下怎么获取数据吗？

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老师您好，我购买了ceRNA分析的网上课程，在下载TCGA数据时出现问题，提示pre_miRNA_miRBase_v22.tsv文件找不到，想请教下老师这个文件怎么获得，谢谢！

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10 基因家族分析--定量问题

  • 2022-02-11 22:30
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群体遗传进化分析课程中，如下图所示利用run_pipeline.pl -Xmx5G -importGuess $workdir/00.filter/clean.vcf.gz \ -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter这个代码并没有在01.phylo_tree文件夹中得到supergene.phy的文件

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请问老师做PCA分析时提示Segmentation fault是什么原因，该怎么解决呢

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老师你好，我想问我在通过cox回归建立lncrna预后模型，最后通过多因素cox回归分析得到的结果，发现有些基因的p值＞0.05，这些基因是不是要剔除

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10 基因家族分析

  • 2022-02-08 23:17
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5 qiime1使用level_tree_sample.py脚本时出现报错

  • J,H 2022-02-08 22:20
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5 如何在Windows PowerShell基因组GFF文件中搜基因的个数呢？比如说在斑马鱼中搜索DMBT1基因，搜到了一个，想搜还有没有这个基因，如何搜下一个呢，怎么操作呢？需要输入什么指令呢？

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老师，热图和进化树结合绘制用到的表达量文件在notpad++里如何把空格批量变成逗号

  • 2022-02-08 16:20
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那老师有什么办法解决因为内存小无法运行docker这个问题吗？