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重复序列鉴定

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基因家族分析-数据准备

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请问老师，用比对后的bam文件进行call snp，bam文件中储存了比对的信息。假如样本mapping rate 值比较低在70左右，那么后续call snp的时候，需要把没有比对到基因组的reads提取出来过滤掉吗？还是说生成的bam文件储存的就是比对到基因组的这些序列？

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测序reads和参考基因组进行map,参考基因组的fna扩展名的文件和fa扩展名的文件一样吗？需要转换吗？

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比较基因组学鉴定出的两个物种的基因家族的基因存在共线性,如何计算它们的kaks

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5 QTL-seq阈值线0.99，0.95那个R语言源代码的输入参数是啥，能给个范列吗？

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分离NR NT库

  • 荣 2023-10-08 00:41
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5 转录组自主分析的差异基因分析和KEGG富集分析时发生错误，求老师解答。

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重测序mapping rates

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生存分析

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10 各位老师好，请问无参转录组（没参考基因组）做基因家族分析能发SCI么？

  • 2023-10-03 10:05
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《基因组研究合辑》这门课程中基因组注释这一部分的Scripts脚本文件并没有找到，只找到了shell文件夹，但是课程里面说有，百度网盘中并没有下载到。

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基因组注释 PASA_updata

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叶绿体基因组测序深度图如何做，现有的叶绿体基因组课程中没有讲，现在文章卡在了这张图上了。

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PopLDdecay总是显示command option error

  • 231 2023-09-27 15:49
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转录组数据无法下载

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叶绿体基因组组装、注释、建树

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基因组

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基因组注释

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老师用你们基因组注释的镜像和脚本进行EGGNOG注释一直提示里面没有tidyverse这个R包，请问应该如何解决。