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5 qiime2进行物种注释出错

  • mz 2021-03-17 21:49
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请教：怎么从InDel.vcf文件中挑选插入或缺失大于10bp以上的位点？

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用primer批量设计引物时出错，不知道primer的这些参数的最大或最小值怎么知道是多少？如果用下面的这些值的话，怎么调节？

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在用vcftools提取指定区域文件的时候出现的以下warning是什么意思，对提取文件有没有影响？

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求教：我用conda 安装qtlseq后，里面也安装了trimmomatic，可以查到，但是在运行qtlseq的命令的时候，却出现错误/bin/sh: trimmomatic: command not found

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安装qtlseq后，运行程序出现ModuleNotFoundError: No module named 'numpy'错误

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黄老师，用的你在github上的qtlseq，运用原始数据，从cleanreads开始运行qtlseq，出现以下错误，请问该如何解决

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在QTL-seq分析的时候的vcf文件中双亲在后面，而子代双池在前面，这种怎么把顺序调整过来？有没有影响

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QTL-seq数据分析实操课程中命令中用到的qtlplot，如果不使用docker，怎么下载，从哪里获得

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VCFtools过滤时结果里什么都没有是为什么

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vcfutils.pl过滤后结果只有1条染色体的信息是为什么

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gvcf转vcf

  • Iron 2021-02-10 19:24
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vcf合并

  • Iron 2021-02-02 15:21
1 解决

在SNPcalling结束后进行合并gvcf文件的时候发现文件里只有双亲的信心，核查发现两个子代的gvcf文件的表头中两个池的名字都是感亲的名字这个怎么修改

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重测序想要我的物种的某些基因序列，可以拿到吗？

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10 同一物种不同基因组（已经组装好）之间可以call snp么

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重测序课程中批量设计引物，脚本问题

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我买了基因组重测序方面的课程，其中课上的老师是在win10 状态下把目录建在D盘上，但是在Linux系统上我也把目录建立在D盘上显示错误，这个怎么样解决呢，方便解答下？

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测序公司发来的是组装好的测序结果，其中里面有全基因组的序列（fa格式），这用组数据可否进行“基因组重测序分析”课程中讲的snp，indel，sv等分析呢？

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麻烦老师问一下，在做重测序的时候这个地方老是出错是怎么回事，路径都仔细检查过了，谢谢老师。no such file