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老师您好,我想用真菌线粒体基因组做群体遗传分析,已经组装好线粒体基因组,是需要把每个菌株自身的线粒体基因组当做ref还是用一个统一的线粒体基因组做ref?同时想请教也是按照重测序课程一个一个从线粒体基因组利用reads筛选snp么?
群体遗传
叶雪儿
2023-05-10 17:59
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老师您好,我想用真菌线粒体基因组做群体遗传分析,已经组装好线粒体基因组,是需要把每个菌株自身的线粒体基因组当做ref还是用一个统一的线粒体基因组做ref?同时想请教也是按照重测序课程一个一个从线粒体基因组利用reads筛选snp么?
群体遗传
叶雪儿
2023-05-10 17:57
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samtools过滤多重比对的-F 256参数设置
zhu shuliang
2023-04-17 17:49
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用Tassel转vcf为hapmap格式文件
哄哄
2023-04-09 22:51
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老师您好,在分析IBD的时候出现Exception in thread "main" java.lang.IllegalArgumentException: missing genotype separator (.),这样的报错,VCF已经过滤,设置的是0.8,这是怎么回事
IBD分析
Milan Shepherd
2023-04-03 17:14
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您好我的过期了,可否给延期一下
袁雨豪
2023-03-31 18:05
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将VCF文件转换为phy格式的时候报错,不知道序列里为什么会有数字0,应该怎样解决呢?
建树
LANYI
2023-03-31 15:06
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老师好 请问基于Fst和Pi的选择清除 如何看哪些受选择区域是属于哪个群体的呢
选择清除
Pharaoh
2023-03-14 08:45
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IBD分析问题
欧贝斯特
2023-02-15 20:12
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使用vcftools过滤vcf文件缺失位点时报错
欧贝斯特
2023-02-08 15:17
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老师好!我想问下在进行TreeMix分析中,想设置外缘群体(outgroup),是不是直接在代码中加-root参数,然后添加外缘群体的样本名?
Treemix基因流分析
2023-01-15 00:26
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老师您好!我想问下当我在计算群体间遗传分化指数(Fst)时,发现其中两个品种间的Fst值很大,但是群体结构分析中(PCA,NJ-Tree,最大似然树)中却发现这两个品种聚类较近,且在一个分支上。这应该怎么解释啊?谢谢老师!
2022-12-28 03:19
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老师好!我在运用课程代码进行Treemix分析后,会生成:cov.gz,modelcov.gz,treeout.gz等相关文件,现在我想知道:在混合事件的情况下,覆盖方差的比例和估计的混合比例,这个应该怎么进行计算统计呀?我不清楚这个解释比例是怎么计算的?谢谢老师!
Treemix基因流分析
2022-12-10 16:31
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老师好!我在运用课程代码进行Treemix分析后,会生成:cov.gz,modelcov.gz,treeout.gz等相关文件,现在我想知道:在混合事件的情况下,覆盖方差的比例和估计的混合比例,这个应该怎么进行计算统计呀?谢谢大家!
2022-12-10 10:29
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请问选择消除分析需要过滤哈温平衡吗?
选择消除
从一束光开始
2022-12-06 18:52
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您好,我是买了群体研究合辑的学员,然后我用您的代码跑BSA。我想问你们的默认两条阈值线设定的是多少?
BSA;QTL-seq
管笑啸
2022-11-30 16:26
1
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老师您好,我这边在知乎上看到贵公司发的题为"如何检测外源基因的插入位置”的文章,想请教一下您对这方面了解么?或者贵公司有其他老师了解么?谢谢啦!
Mary
2022-11-29 17:27
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老师,您好,我想请问一下,就是XPCLR计算的时候(老版的),我看你的博文写的(https://www.omicsclass.com/article/1334)遗传距离(可简单的物理距离/100000000),就是我写论文计算也可以直接用这样简单表示遗传距 吗,还是需要将snp根据遗传图谱呀?
XPCLR
早睡早起
2022-11-27 19:43
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用tassel软件输入的表型数据是质量性状时输入格式是和数量性状一样吗?用0和1进行赋值
Luck
2022-11-23 10:52
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您好,用tassel做gwas的时候质量性状的输入格式和质量形状的输入格式是否一样呢?
Luck
2022-11-17 16:32
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