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老师，在生成gbcf文件后，发现只运行了前三个染色体的，是我的代码有问题嘛？该怎么解决啊？参考基因组的fasta，fai文件都是好的，前期生成的bam文件也是好的，样品是四倍体，参考基因组是异源四倍体

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老师，我有141个样品，现在IndexFeatureFile，tabix，bcftools都无法成功构建gvcf的索引，只有CSI格式能成功索引，这个格式在后续也用不了，这个gvcf索引还有其他的解决办法嘛，还是说我只能重新生成vcf文件了

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genome

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单倍型分析

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根据覆盖度及比对率如何剔除样品、gatk VariantFiltration过滤

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重测序文件中的data data 文件打不开

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老师，麻烦您解答一下

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重测序遗传变异过滤

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怎么从全部的300份重测序数据的vcf.gz文件中抽出自己的想要的200份数据

  • Max 2024-12-19 17:16
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老师，我的db文件夹里显示了所有染色体都已经导入，但是在将gvcf转换成vcf时，发现在Lc2Ns染色体就结束完成了，这是正常现象嘛，是我使用的近源种参考基因组的原因嘛？我的是简化基因组测序的

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10 gvcf文件转vcf文件，创建索引时一直失败，请问

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SRA下载

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重测序

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10 群体遗传分析中iqtree构建系统进化树出现警告和错误

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老师，在第三步vcf文件过滤时，得到的all.clean.vcf文件太小了，宽松设置调整数值后，依旧很小，怎么办啊，有没有其他的方法，可以让最后的数据大一些啊

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10 GATK报错Caused by: java.io.IOException: Input/Output error

  • YYJ 2024-12-30 20:45
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老师 就是我也买啦那个群体遗传的那个课程 我看啦一下 就是您课程上讲解的是下载参考基因组是拟南芥 我是做越峰杜鹃的 然后我重测序的也是 我的参考基因组是不是我自己组装出来越峰杜鹃的那个基因组啊 还是其他的呀 这里我没懂

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老师，我按照多样本的代码生成gvcf文件后，发现并没有视频里讲解所说的tbi格式的索引文件，这是怎么回事呢，我需要怎么做啊

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重测序

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重测序