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treemix

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老师，我想问一下，我正在学泛基因家族分析；自己的数据如何上传？是弄成压缩包的形式通过filezilla上传到data文件夹，覆盖之前上传的课程内容吗？

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想问一下视频课程里的data内容换成自己的数据就行了嘛？

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第一张图片为smart，没有查询到结构域。第二张图片为interpro，共有135条序列，最后显示结果为118。图3为CDsearch查询结果，为135条。最终形成的新的IDlist是不是以interpro为准，118个ID

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5 gatk变异检测

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拟时序分析分化方向和实际不相符合

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5 请问泛基因家族分析实操课程中老师用到的泛基因列表为什么和课程泛基因集构建得到的列表不一样呢？

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xpclr计算

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做基因家族，需要下载图片中哪些文件？Genome Gff CDS Protein dou都需要下载吗

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泛基因家族，PAV分析提取id列表，确实一个基因组的信息，只统计了RH10-15，忽略了RH

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请问跟着教程做的时候，无法下载omicsclass/reseq:v1.1，老师您能提供一份在线下载链接吗？

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docker在电脑上安装不上

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genomescop2有没有办法出pdf的图片呢

  • 2025-01-20 15:14
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基因组数据的下载

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这个脚本如果直接从ensamble下载cds和pep还需要去提取吗，是不是可以直接转换格式

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通过GWAS分析找到显著snp后，对这个snp进行单倍型分析，把群体分为了3种单倍型，结合表型做了显著性分析，发现3种单倍型的表型不存在显著差异，这样的结果说明这个snp是阴性结果吗？

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dadi

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xpclr绘图

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XP-EHH

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Use of uninitialized value $id in lc at /share/work/biosoft/perl/perl-5.22.1/lib/site_perl/5.22.1/AGAT/OmniscientI.pm会影响结果吗