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老师你好，我用全长序列进行比对构建进化树时，发现许多序列的长度长短不一，这样可以用吗？ 感谢老师答疑

  • 2025-04-03 10:41
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老师您好，我在做泛基因家族分析中存在缺失分析得到的基因家族泛基因编号文件和泛基因列表一样，不知道为什么

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老师您好，我测定的是土壤微生物的宏基因组，在进行物种注释时选择的kraken的标准库，但注释出来可比对的物种注释率较低，好几个样本都低于30%，这样合理吗？如果不合理，我该如何解决呢？

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宏基因组得到的物种相对丰度表进行kw差异分析或者Lefse分析时，对数据提前进行对数处理合理吗

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老师您好，我正在做泛基因家族分析中，家族成员存在缺失分析，需要准备泛基因组列表，前面通过学习咱们得泛基因集构建课程，生成了 final.last.gene.pair.txt 文件，整理格式之后不正确

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你好，提取CDS序列时，出现错误，怎么解决

  • 2025-04-01 14:33
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老师，我在做dadi分析的时候，发现没有代码里显示的easySFS.py的脚本，给的文件里也没有，就一直报错

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服务器超过5个线程，被killed。请问怎么使用名单规定线程？下面命令如何修改规定线程。

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5 在JGI上下载gff文件和fa.gz文件有问题，感谢答疑

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泛基因集构建中JCVI做共线性分析构建完一半数据报错 core dumped

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正在运行命令的docker因为断网后重启还可以继续运行上次的代码吗？

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老师您好，我在进行megahit组装后运行quast.py这段出现报错，查看megahit.log文件后，出现的最后一行command的信息为Exit code -15,请问这是怎么回事呢？

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您好，请问您paircoil2安装问题解决了吗，我安装也出现了和您类似的问题，我也按照那个文件要求把配置文件放在家目录下，但是仍然命令使用不了，网上实在搜索不到相关信息，只能请问您了，望回复

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提取cds 用基因的ID，作为序列的ID，漏掉了一个序列，咋整？

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老师，别人发的一篇泛基因组文章，应该是从头组装构建的，每个基因组对于参考基因组的SV，是不是用他们这个SV文件就可以合成图谱，就是一堆SV怎么搞成线性化，跟正常基因组一样的，作为一个参考基因组，这个是可行的吗，如何操作

  • Oho 2025-03-27 20:31
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提取cds 用基因的ID，作为序列的ID，报错，咋整？

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kaks分析时候基因的txt文件中基因的出现乱序如何使用代码进行统一整理

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Arabidopsis_thaliana.TAIR10.56.gff3.gz 课程资料发我的gff文件里面没有parent信息，影响基因家族分析吗？

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从https://ricerc.sicau.edu.cn/下载的基因组和gff文件进行水稻泛基因分析出

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老师，我研究的植物有人已经构建了泛基因组，用的从头组装比对的方式，我想问一下，如何利用他的数据做我的研究，我可以添加几个自己的物种进去吗，请老师给个研究思路

  • Oho 2025-03-27 10:25