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ensemble下载的gff3和toplevel文件无法解压

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老师，我用hmmsearch 没搜索出结果，然后用拟南芥的query.fa和我要分析的物种cds进行blast分析，比对出来的基因只有几个，我老师说我要做的基因有200多个，完全对不上，不知道该怎么办了，请教下老师。

  • 2022-01-25 20:55
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老师您好，我在做不同物种之间共线性分析的时候，在#绘制共线性图片：准备两个配置文件为输入文件出现如下错误：IOError: [Errno 2] No such file or directory: 'mcscan_layout'

  • 2022-01-24 02:26
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各位老师好，jcvi使用时报错如下，请问应该如何解决呢？非常感谢！

  • 2022-01-13 10:23
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基因家族成员系统发育树

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老师，两个物种间共线性分析最后一步报错了

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10 老师，你好！

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Bio-Linux输入命令没反应

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基因家族鉴定，利用脚本获取基因的蛋白序列的时候出现如下错误，有的物种获取序列没问题，但是有的物种出现问题，请问老师哪里出了问题

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3 建立进化树

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老师，我的这两个文件里，图片上有5对共线性基因，而pairs里边有4对，这是怎么回事啊

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老师，我共线性出的图没红线，这是怎么回事啊

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5 老师，我在利用circos绘图运行出现这种情况，该怎么处理啊？

  • 2021-12-16 09:06
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老师，我在共线性那步加sudo java ,但是又出现错误，这是怎么回事啊？

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基因家族成员鉴定

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3 建立进化树

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基因家族建树

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老师您好，利用per脚本去除重复的转录本那一步我执行perl script/select_redundant_mRNA.pl mRNA2geneID.txt PTR2_domain_new_out_selected.txt PTR2_remove_redundant_IDlist.txt命令之后得到的文件中只有一行，和老师讲的格式完全不一样，如下图，我也截图了我的gff文件您看是因为它的原因吗？不知道该怎么解决了，请求老师指点一下

  • Jc 2021-12-14 21:08
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circos作图

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老师。我在做mcscan时说是打不开这个java，这是怎么回事啊