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蛋白序列多序列比对问题

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做基因在染色体定位时，出现了问题

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基因家族分析数据准备

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基因家族数据准备

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老师，使用plantcare网站时，提交后老是显示the reference contains illegal characters, please revise (only alpha-numeric allowed)这句话，仔细看了看没发现符号错误啊

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手动筛选100kb以内的串联重复，两条染色体的起始位置有点重复

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使用ensembl下载的人gff3文件进行基因家族分析时，保留编码蛋白基因的命令无法识别人的gff3文件（描述中为日志）

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10 使用NCBI下载的基因组和gff文件进行基因家族分析时，保留编码蛋白基因的命令似乎无法识别NCBI的gff文件（描述中为日志，图片为尝试获取的gff文件）

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在基因家族分析时，保留编码蛋白基因命令时出现 “bash: agat_sp_filter_feature_by_attribute_value.pl: command not found”

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20 您好我用OrthoVenn和拟南芥做同源比对，结果我应该下载哪一个去做string网站上的比对，构建ppi

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为什么根据fam提取出来的b73列表不全呀

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为什么我出来的基因是67个，kaks图出来的却这么少呀？

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请问老师，泛基因家族的数量是根据什么定的啊，如果说几个基因组共有的加上单个基因组独有的话，怎么还会有的基因不存在任何一个基因组呢？

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老师您好，为什么我拟南芥8条序列，提取结构域的时候就剩5条了呀

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请问老师这里显示找不到pav文件怎么办，这个文件是有的

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已经发表的文章用的是两个隐马尔可夫模型，怎么样把搜索出来的数据合在一起呢？

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老师，为什么pav分析结果是这样，上面显示我的基因编号到99了是为什么啊，没有这么多基因呀，我做出来一个基因组平均才十几个

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只提取出来一个是为什么呀？是不是不对呀？

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提取出来的泛基因也太少了，这样对吗？泛基因编号不是说两个以上基因组才有编号吗，为啥只有一个呀

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你好请问你解决paircoil2的安装问题了么