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老师，我的Fam_gene.list、PAV_draw.list、PAV_gene.list都正常...
你的数据文件里面是不是除了这2个PHY基因外，都是核心PHY基因。绘图脚本会“移除在所有品系里面都存在基因的行”。你如果想将这种情况的结果也绘制出来的话，就需要改脚本。将PAV_heatmap.r中第62行首添加“#”号注释掉该行。再去运行。
回答于 2025-07-07 15:24
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序列相似的家族基因如何设计荧光定量引物？
按照引物设计流程直接设计就行。手动引物设计推荐网站：https://www.omicsclass.com/question/297
回答于 2025-07-07 09:39
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老师，这是我做出来的PAV热图，每个基因都是物种独有的，这个PAV...
确实结果不好，可以再check一下前面步骤和泛基因列表步骤，是不是有什么问题导致的没有同源基因
回答于 2025-07-05 19:21
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泛基因筛选最长转录本时出现问题
将id.txt文件中不需要再跑的品系ID删除再循环跑就可以了。跑之前将前面生成的空文件删除。不过最好先看一下报错原因，为什么生成的空文件
回答于 2025-07-04 09:11
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老师我的基因组都是Scaffold，没有染色体级别的基因组，这种适合...
组装scaffold水平也能做，就是结果可能差点儿。 截图里面是字体样式报错，忽略就行
回答于 2025-06-27 09:45
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老师，我要做泛基因家族分析中泛基因列表构建，我是不是只需要把...
构建泛基因列表，只需要把自己01.data_prepare时生成的longest_isoform.gff3和gene.cds.fasta文件链接过来作为数据去生成bed和cds文件就行。因为构建泛基因列表w.sh文件中的“# 提取最长的转录本”“# 提取cds”“# 改cds的名字为基因名字”步骤已经在01.data_prepare时完成了 并且不需要示例数据pangenlist里面的文件
回答于 2025-06-26 17:41