结构变异与保守结构域分析

老师,我在MEME网站上下载保守结构域图,发现点下载PDF下载下来的是前26行,没有后面80行,该怎么全部基因组的图呢?另外,我发现我的大多数基因组都相似,但和参考基因组(图上Yugu1_T2T.genome)不一样,是怎么回事呢,attachments-2025-07-BHMgLmB2688321ae525b8.pngattachments-2025-07-vcigYmNV688321c800acf.png

在前面做泛基因集构建时,核心基因只有0.3%,家族基因的核心基因为0,是不是做泛基因列表时 ,不应该加参考基因组。

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1 个回答

rzx

绘制完整的保守motif图可以参考笔记:https://www.omicsclass.com/article/67。将motif分析得到的xml格式文件上传到绘图软件得到结果。
构建泛基因集列表时,需要用到参考基因组,具体步骤参考示例代码进行。
具体核心基因少的问题,可以检查一下之前分析

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