老师,我在泛基因家族分析构建系统发育树得到all.domain.treefile文件,将其上传至iTOL,得到下面的图(根在红色圈圈那儿), 在网站https://www.omicsclass.com/article/343也看到跟我的图类似的结果,我现在的问题是,我的家族成员鉴定时,没有核心基因,90%为私有基因(一共950个),在图上的表现就是比较散。同时,图上中间有一些没有用颜色标记的几个分枝,不需要标吗,分成几个亚类呢,如何说各个亚类的功能,在写文章时,不知道该怎么说明这个结果,麻烦老师帮忙指导
示例结果图只是举例,如果进行颜色美化一般所有枝都会上颜色。具体进化树亚类划分,要看进化树最后分支情况,也可以参考该基因家族的相关文献中亚类和亚类功能作为参考。单纯颜色美化的话,可以将图中没有颜色,比较散的几个分支划分到同一个颜色中,例如下图中蓝色部分G6