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泛基因家族-结构分析
默认情况下 grep 匹配的是包含子串 "WRKY14" 的内容，所以会同时匹配上WRKY140~WRKY149。可以修改命令grep "\b${svgene}\b" Fam_gene.list|sed "s/${svgene}\t//g"> ${svgene}_gene.list（添加单词边界 \b 限制匹配范围）
回答于 2025-10-27 09:48
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泛基因家族分析-SV和表达量
检查一下原始泛基因组结构变异结果vcf文件all_merge.vcf，里面第5列ALT跟示例数据有区别。这列如果不能明确指出变异类型的话，可以根据截图中的变异位置去all_merge.vcf中找到具体变异类型
回答于 2025-10-27 09:39
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泛基因家族分析-SV和表达量
1. 检查输入文件；2 不需要的基因是指，一些基因在其他品系中不存在共线性的同源基因，例如私有基因，但是表达量文件中基因在这个品系中有表达量。这种表达量结果需要变为0
回答于 2025-09-29 13:42
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泛基因家族分析-SV和表达量
如果这3个基因是同一个品系的话是正常的。在泛基因列表文件中，这个品系中3个基因同时比对到一个泛基因ID上，这种情况可以只选择一个结果
回答于 2025-09-28 13:43
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泛基因家族分析-SV和表达量
仍然可以选择做一下结构变异与基因结构分析。sv如果没有影响基因的表达，也有可能体现在基因结构上。可以对有sv的家族基因都做一下基因结构和motif 分析，如果其中家族基因因sv导致了结构变化，也可以为后续实验提供靶点
回答于 2025-09-28 09:48