可以 手动修改kaks_greater_than_1_gene_rate.txt，将想删除的成员删除
回答于 2025-08-06 09:19
根据核心基因的定义确定
回答于 2025-08-06 09:14
路径写错了。看报错提示，路径demo少写了个“o”
回答于 2025-08-06 09:09
进化树上默认显示的就是输入序列ID，最简单的方法是改动序列ID，也可以在后续美化时用美化软件修改分支标签
回答于 2025-08-05 09:24
进化树分析中是提取第一条序列作为泛基因序列进行进化树分析。课程里面也不都是同一品种的
回答于 2025-08-05 09:16
根据提取的脚本，基因需要提供正负链信息，提取负链基因的启动子序列后需要反向互补，正链基因则不需要。基于此，最终得到的启动子序列都是B端靠近基因ATG的。
回答于 2025-08-04 16:58
先手动检查一下apple.WRKYgene.list中的基因ID是不是全部在15apple.pan-genes.list文件中出现，能被搜索到，是不是文件内容或者格式有问题，
回答于 2025-08-01 15:10
可以不写，因为参数会默认clustalw2方法比对。
回答于 2025-07-31 17:50
这个是鉴定数目，如果觉得有问题的话可以检查一下当时的鉴定过程是否有问题
回答于 2025-07-28 14:04
这个不影响后续分析。理解了命名方式，后续分析别弄混就行
回答于 2025-07-28 13:28
