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泛基因家族转录表达
1.不需要格式一致，可以通过其它方式得到基因组的转录因子基因相关注释结果。只需要最终生成转录因子基因的表达量文件TF_fpkm.xls和转录因子基因类型文件meta.tt 就可以2.All.DEG_final.xls是在指定差异分组样本中具有显著差异的差异基因表达量文件
回答于 50分钟前
泛基因家族-结构分析
可以手动编辑新文件，将${svgene}_gene.list手动设置2列，再运行cat ${svgene}_gene.list|while read -r gene sp; do grep "$gene" ../01.data_prepare/$sp.longest_isoform.gff3 >> ${svgene}.gff3;done
回答于 1天前
泛基因家族-结构分析
默认情况下 grep 匹配的是包含子串 "WRKY14" 的内容，所以会同时匹配上WRKY140~WRKY149。可以修改命令grep "\b${svgene}\b" Fam_gene.list|sed "s/${svgene}\t//g"> ${svgene}_gene.list（添加单词边界 \b 限制匹配范围）
回答于 1天前
泛基因家族分析-SV和表达量
检查一下原始泛基因组结构变异结果vcf文件all_merge.vcf，里面第5列ALT跟示例数据有区别。这列如果不能明确指出变异类型的话，可以根据截图中的变异位置去all_merge.vcf中找到具体变异类型
回答于 1天前
泛基因家族分析-SV和表达量
1. 检查输入文件；2 不需要的基因是指，一些基因在其他品系中不存在共线性的同源基因，例如私有基因，但是表达量文件中基因在这个品系中有表达量。这种表达量结果需要变为0
回答于 2025-09-29 13:42
泛基因家族分析-SV和表达量
如果这3个基因是同一个品系的话是正常的。在泛基因列表文件中，这个品系中3个基因同时比对到一个泛基因ID上，这种情况可以只选择一个结果
回答于 2025-09-28 13:43