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泛基因家族分析
第一个问题：项目结果文件有个readme文件，里面有每个文件的说明：表格pangene_list.tsv每一行是一个基因，及其对应不同基因组的基因ID，每一列是一个基因组。第二个问题：后续用来做泛基因家族分析需要用到的文件是*.gene.pair，该文件仅保留了有共线性关系的最佳匹配基因对。需要整理成后续脚本需要的格式。shell中的26Pa...
回答于 1天前
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结构变异与保守结构域分析
绘制完整的保守motif图可以参考笔记：https://www.omicsclass.com/article/67。将motif分析得到的xml格式文件上传到绘图软件得到结果。构建泛基因集列表时，需要用到参考基因组，具体步骤参考示例代码进行。具体核心基因少的问题，可以检查一下之前分析
回答于 4天前
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泛基因家族系统发育树
示例结果图只是举例，如果进行颜色美化一般所有枝都会上颜色。具体进化树亚类划分，要看进化树最后分支情况，也可以参考该基因家族的相关文献中亚类和亚类功能作为参考。单纯颜色美化的话，可以将图中没有颜色，比较散的几个分支划分到同一个颜色中，例如下图中蓝色部分G6
回答于 4天前
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请问，在基因组中提取包括UTR，CDS的基因序列，命令咋写？使得提...
基因家族镜像里面安装了agat_sp_extract_sequences.pl 工具。使用命令行“agat_sp_extract_sequences.pl --gff Arabidopsis_thaliana.longest_isoform.gff3 --fasta Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa --output genes_with_utr.fa -t exon --merge” 可以提取所有转录本的外显子序列（cds+utr） 然后根据基因家族...
回答于 2025-07-21 09:37
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