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基因家族分析
根据提取的脚本，基因需要提供正负链信息，提取负链基因的启动子序列后需要反向互补，正链基因则不需要。基于此，最终得到的启动子序列都是B端靠近基因ATG的。
回答于 2025-08-04 16:58
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泛基因家族分析
先手动检查一下apple.WRKYgene.list中的基因ID是不是全部在15apple.pan-genes.list文件中出现，能被搜索到，是不是文件内容或者格式有问题，
回答于 2025-08-01 15:10
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泛基因家族分析
第一个问题：项目结果文件有个readme文件，里面有每个文件的说明：表格pangene_list.tsv每一行是一个基因，及其对应不同基因组的基因ID，每一列是一个基因组。第二个问题：后续用来做泛基因家族分析需要用到的文件是*.gene.pair，该文件仅保留了有共线性关系的最佳匹配基因对。需要整理成后续脚本需要的格式。shell中的26Pa...
回答于 2025-07-28 10:16