可能网络不太好。下载不下来这个文件。可以自己去PDB数据库搜索下载对应6ir8的pdb格式文件
回答于 2025-07-15 14:07
根据输入的reg.bed文件内容提取对应固定区域(region)序列:seqtk subseq in.fa reg.bed > out.fa 准备bed文件:[基因所在染色体 基因起始位置 基因终止位置] 参考笔记:https://www.omicsclass.com/article/2190
回答于 2025-07-14 09:20
你的数据文件里面是不是除了这2个PHY基因外,都是核心PHY基因。绘图脚本会“移除在所有品系里面都存在基因的行”。你如果想将这种情况的结果也绘制出来的话,就需要改脚本。将PAV_heatmap.r中第62行首添加“#”号注释掉该行。再去运行。
回答于 2025-07-07 15:24
按照引物设计流程直接设计就行。手动引物设计推荐网站:https://www.omicsclass.com/question/297
回答于 2025-07-07 09:39
确实结果不好,可以再check一下前面步骤和泛基因列表步骤,是不是有什么问题导致的没有同源基因
回答于 2025-07-05 19:21
将id.txt文件中不需要再跑的品系ID删除再循环跑就可以了。跑之前将前面生成的空文件删除。不过最好先看一下报错原因,为什么生成的空文件
回答于 2025-07-04 09:11