进化树中如何添加分组圆环
进化树中如何添加分组圆环
最近有小伙伴问小编怎样才能在进化树外层加圆环，以体现样品的分组（如下图所示），其实很简单，小编就来讲讲怎样实现吧。
使用的工具是iTOL这款在线软件，可点这里 绘一棵超酷炫的系统发育树 了解iTOL的使用方法。基础的使用方法就不再讲述了，只对配置文件进行说明。
注释文件准备
首先来看一下所需要的注释文件的格式：
DATASET_COLORSTRIP
#lines starting with a hash are comments and ignored during parsing
SEPARATOR TAB
DATASET_LABEL color_strip2
STRIP_WIDTH 25
MARGIN 0
BORDER_WIDTH 1
BORDER_COLOR #000
SHOW_INTERNAL 0
DATA
160232 #efff22
13773 #efff22
56636 #efff22
111955 #efff22
2287 #efff22
50339 #efff22
2303 #efff22
2234 #efff22
64091 #efff22
2214 #efff22
2209 #117355
2261 #117355
格式说明：
注释文件中以"#"开头的行是注释行，只起说明作用，iTOL不会读取该行的内容。
DATASET_COLORSTRIP：注释文件数据类型声明，这里声明数据集是为进化树外层添加彩色圆环。
SEPARATOR TAB：指定数据分隔符，即数据列与列之间使用Tab分隔。也可指定分隔符为空格，需将"TAB"改为"SPACE"。
DATASET_LABEL color_strip2：指定数据集标签，标签可任意。
STRIP_WIDTH 25：指定圆环的宽度。
MARGIN 0：指定圆环与进化树之间的距离，可为负数，会导致与进化树重叠。
BORDER_WIDTH 1：指定圆环边框的宽度。
BORDER_COLOR #000：指定圆环边框的颜色。
如果没有特殊设置，以上部分通常不需要改，直接拷贝使用即可。
DATA 之后的行就是所有的分组数据信息。数据分为两列，第一列为进化树叶节点ID，第二列是叶节点关联的颜色，每种颜色代表一个分组，不同分组的样品对应相应的颜色。可以用十六进制（#开头的颜色值），RGB表示法指定颜色。
注释文件美化
按照以上格式准备好注释文件，准备好文件后直接将其拖到iTOL进化树展示所在的位置，就能自动给进化树外层加上圆环了。之后也可以在Datasets中对圆环位置、宽度以及圆环边框的粗细、颜色等进行微调。
以上操作介绍完了，怎么样？是不是很简单？有兴趣的小伙伴自己动手试试吧！
最后祝您科研愉快！
- 发表于 2018-12-14 13:55
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- 分类：软件工具
