统计每个窗口内SNP变异位点数量

统计每个窗口内SNP变异位点数量

bedtools 软件可以统计每个窗口内SNP变异位点数量,具体命令如下:

bedtools coverage -a window.bed -b raw.filtered.snp.vcf.gz  -counts >result.txt

其中bed文件格式如下:


attachments-2023-04-C1gNC9Jb642fd1e1a6410.png

结果文件如下:


attachments-2023-04-S9am8S8D642fd240d9e95.png

最后一列为每个窗口内SNP数量。

  • 发表于 2023-04-07 16:20
  • 阅读 ( 1119 )
  • 分类:软件工具

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安生水
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