从fasta基因组中提取反向互补序列

从fasta基因组中提取反向互补序列,借助bedtools工具。 bedtools getfasta -fi Dlong_asm_chr.fasta -bed DlNIP.bed -s -fo DlNIP.bed.fa -fi 基因组文件     -bed 基因位置 共6列:【染色...

从fasta基因组中提取反向互补序列,借助bedtools工具。

bedtools getfasta -fi Dlong_asm_chr.fasta -bed DlNIP.bed -s -fo DlNIP.bed.fa

-fi 基因组文件    

attachments-2023-02-pGuArFxC63fc49f4adad5.png

-bed 基因位置 共6列:【染色体】【基因起始位点】【基因终止位点】【.】【.】【正负链】

attachments-2023-02-J21iusGw63fc4a503c2ae.png

-so 结果序列 如果基因正负链显示+链,则根据基因位置正常提取基因序列;如果基因正负链显示-链,则先根据基因位置提取区间序列,在对序列进行反向互补

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  • 发表于 2023-02-27 14:22
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  • 分类:软件工具

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