TF的结合序列查找

转录因子的结合序列查找

做完转录组分析完之后,一般会找到一些差异表达的基因,差异表达基因中如果有转录因子的话,可以研究一下转录因子调控哪些基因的表达。
首先需要知道转录因子的结合序列特征,之后基于这个特征去预测靶基因。

1. 转录因子结合序列特征,这个可以采用JASPAR网站中的"Profile Inference" 功能实现。输入转录因子的氨基酸序列即可,如下图所示:
attachments-2018-07-f4yBmEP15b3edaf086af0.jpg
2. 预测的结果会很多,一般选择第一个,如下图所示:
attachments-2018-07-c850DOGL5b3edb4365a0d.jpg
3. 查看位点详细信息,下载结合位点的特性信息, 可以预测转录因子调控哪些基因。

attachments-2018-07-54Tw1Czs5b3edcb8f36c9.jpg



  • 发表于 2018-07-06 11:07
  • 阅读 ( 2536 )
  • 分类:转录组

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