叶绿体或线粒体基因组重复序列分类及鉴定

细胞器基因组相比整个核基因组小很多,被子植物叶绿体长度为120 kb - 160 kb,动植物及真菌线粒体长度为11kb - 750kb(部分植物超过 1 M,一些裸子植物超过 4 M)。

细胞器基因组序列本身就比较短,重复序列也比较简单,分类方式不像核基因组那么复杂。

一、细胞器基因组重复序列分类

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串联重复序列(tandem repeats),由重复单元首尾相连、成簇排列而成。

简单重复序列(SSR)是串联重复中的一类,但一般在细胞器基因组的重复序列分析中会单独展示。

散在重复序列(dispersed repeats) ,即重复单元在基因组中相间排列,包括4种类型,Forward(F), Reverse (R), Complement (C), Palindromic (P)。分别是正向重复、反向重复、互补重复和回文重复。下图为四种不同类型的散在重复序列展示。在细胞器基因组中,正向重复和回文重复比较常见。


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二、细胞器基因组重复序列鉴定


简单重复序列鉴定可以使用在线MISA分析,教程: https://www.omicsclass.com/article/1977

串联重复序列鉴定可以使用TRF网站,详见教程:   https://www.omicsclass.com/article/2363

REPuter网站可检测散在重复序列,详见教程: https://www.omicsclass.com/article/2298

  • 发表于 2023-11-29 11:45
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  • 分类:基础知识

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星莓
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