叶绿体或线粒体基因组重复序列分类及鉴定
细胞器基因组相比整个核基因组小很多，被子植物叶绿体长度为120 kb - 160 kb，动植物及真菌线粒体长度为11kb - 750kb（部分植物超过 1 M，一些裸子植物超过 4 M）。
细胞器基因组序列本身就比较短，重复序列也比较简单，分类方式不像核基因组那么复杂。
一、细胞器基因组重复序列分类
串联重复序列（tandem repeats），由重复单元首尾相连、成簇排列而成。
简单重复序列（SSR）是串联重复中的一类，但一般在细胞器基因组的重复序列分析中会单独展示。
散在重复序列(dispersed repeats) ，即重复单元在基因组中相间排列，包括4种类型，Forward（F）, Reverse (R), Complement (C), Palindromic (P)。分别是正向重复、反向重复、互补重复和回文重复。下图为四种不同类型的散在重复序列展示。在细胞器基因组中，正向重复和回文重复比较常见。
二、细胞器基因组重复序列鉴定
简单重复序列鉴定可以使用在线MISA分析，教程： https://www.omicsclass.com/article/1977
串联重复序列鉴定可以使用TRF网站，详见教程： https://www.omicsclass.com/article/2363
REPuter网站可检测散在重复序列，详见教程： https://www.omicsclass.com/article/2298
- 发表于 2023-11-29 11:45
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- 分类：基础知识
