NCBI、ENA高通量测序数据下载-fastq数据

NCBI高通量测序数据下载-SRA数据库

国际上著名的综合生物数据库有三个,分别为NCBI,ENA,DDBJ ,高通量测序的数据往往会提交到这些数据库,下面分别介绍一下:

NCBI|Genbankhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/ ;NCBI是由美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information)开发并负责维护,隶属于美国国立卫生研究院(National Institutes of Health, NIH)。


attachments-2022-08-GwKwoGBF62f9a4dee96d7.pngENA:https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home;欧洲核苷酸序列数据库(European Nucleotide Archive),由欧洲分子生物学研究室(European Molecular Biology Laboratory,EMBL)开发并维护。


attachments-2022-08-g1zJIY7d62f9a51bac049.png

DDBJ:https://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html;DDBJ是日本DNA数据库(DNA Data Bank of Japan),由日本国立遗传学研究所(National Institute of Geneics, NIG)开发并负责维护。


attachments-2022-08-xkAZytxU62f9a5355f92f.png

重要的是,以上三个数据库共同组成了国际核酸序列数据库合作联盟(International Nucleotide Sequence Database Collaboration,INSDC)。即这个数据库的信息可以相互交换,同步更新,共享。因此我们,下载高通量测序的数据都可以在这三个数据库中去查找,据我了解ENA的数据下载速度最快,最近NCBI的数据和亚马逊云合作下载速度也非常快。下面介绍一下下载方法:

NCBI中测序数据下载

打开ncbi官网(https://www.ncbi.nlm.nih.gov),点击搜索project号 PRJEB19900。



attachments-2022-08-1uBVXPBC62f9a54a95c78.png

点击"22",项目有22个样本:


attachments-2022-08-T8cwyw6i62f9a556b9f17.png再随机点击一个



attachments-2022-08-stqp9xVq62f9a564b636d.png

之后点击,All run,就可以看到这个project下所有样本的数据;



attachments-2022-08-t9hZCBgD62f9a58e9fdf9.png

来到所有样本的数据信息页面,点击想要下载的数据:


attachments-2022-08-SuHAzAdh62f9a59db5629.png

来到数据下载页面:


attachments-2022-08-qt7FZz1G62f9a5ace3cc1.png

两种数据类型下载:

attachments-2022-08-WeltXQt462f9a5b977d57.png

说明:data assess下面的数据可以直接复制链接到迅雷下载,之后用  SRA Toolkit 中的fastq-dump 工具转换成fastq格式;另外,也提供直接下载fastq格式入口;

ENA中测序数据下载

打开网址:https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home;同样搜索这个project号;


attachments-2022-08-r01uVPS662f9a5cc851b8.png

选择其中一个:

attachments-2022-08-NL6reaGH62f9a5da8c341.png

这里就可以直接下载fastq数据了:
attachments-2022-08-4scSCCj462f9a5e7ed9c9.png迅雷下载速度测试:


attachments-2022-08-S5QaAuMn62f9a5f594b63.png


  • 发表于 2022-08-15 09:49
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