R markdown 常用设置

R markdown常用设置

1.knitr::opts_chunk$set() 全局设定,“()”内加入参数就可以对整篇报告进行设置

2.如果希望代码用R的大于号提示符开始, 用选项prompt=TRUE。 如果希望结果不用井号保护, 使用选项comment=''。

3.tidy=TRUE可以自动重新排列代码段, 使得代码段格式更符合规范.

4.collapse=TRUE:一个代码块的代码、输出通常被分解为多个原样文本块中, 如果一个代码块希望所有的代码、输出都写到同一个原样文本块中, 加选项collapse=TRUE。

5.child='文件名.Rmd'可以调入另一个.Rmd文件的内容。如果有多个.Rmd文件依赖于相同的代码,可以用这样的方法。

6.echo = TRUE 同时显示代码块 + 结果。
echo = FALSE 不显示代码块,但显示结果。禁止代码出现在最终报告中,但不会禁止结果。为不想看到 R 代码的人 们编写报告时,就可以使用这个选项。

7.eval=FALSE, #可以使得代码仅显示而不实际运行。 这样的代码段如果有名字, 可以在后续代码段中被引用。

8.include=FALSE,可以运行代码,但不会在最终文档中显示代码和结果。如果不想让 setup 代码出现在报告中,就可以使用这个选项。

9.message = FALSE或warning = FALSE可以防止消息或警告出现在最终报告中。

10.results = 'hide'可以隐藏文本输出;fig.show = 'hide'可以隐藏图形输出。

11.error = TRUE在代码出现错误时仍然可以生成最终报告。在报告的最终版中,我们很少需要包括出错信息,但在调试 .Rmd 文件时,出错信息是非常有用的。如果使用 R 进行 教学活动,并特意想要包括出错信息的话,这个选项是非常有用的。如果使用默认设置 error = FALSE,那么即使只有一个错误,文档生成也会失败。

12.当R Markdown文章比较长,包含的R代码比较多, 或者代码段运行需要比较长时间时,反复编译整篇文章会造成不必要的计算,因为有些代码段并没有修改,依赖的数据也没有改变。 knitr提供了缓存功能, 代码段选项cache=TRUE对代码段打开缓存,允许暂存上次运行的结果(包括文本结果和图形)而不需要重复运行代码段。当代码段被修改时,缓存被放弃,编译时重新运行代码段。

13.缓存这种功能需要慎重使用,免得错误地使用了旧的结果。当后面的代码段需要使用前面代码段结果时,如果前面结果改了,后面的代码段就不能使用缓存的结果而必须重新计算。 为此, 在后面的代码段中应该加上dependson=选项,比如dependson=c('codeA', 'codeB'),其中codeA和codeB是前面的代码段的标签, 其结果会用在本代码段中。也可以使用代码段选项autodep=TRUE,knitr试图自动确定前后代码段之间的依赖关系,每当前面的代码段改变时, 后面的用到其结果代码段也自动重新计算而不使用缓存的旧结果。建议仅对计算一次需要较长时间的代码段使用缓存功能,后面依赖于其结果的代码一定要加上dependson=选项。因为缓存策略会逐渐变得复杂,所以应该定期使用 knitr::clean_cache()命令清除所有 缓存。

14.如果更喜欢用表格来显示数据,那么你可以使用knitr::kable函数

15.使用 out.width 控制输出图形的大小,并将其设置为行宽的百分比。默认设置为out.width = "70%"和fig.align = "center"。这种设置图形既不会占用过多空间,也不会显得太拥挤。如果想要让所有图形中的字体都保持一致大小,那么只要设置了 out.width,就同时还需要调整 fig.width,使其与默认 out.width 保持同样的比例。例如,如果默认fig.width为 6,out.width为 0.7,那么当设置out.width = "50%"时,你需要同时将fig.width 设置为 4.3(6*0.5/0.7)。



作者:小梦游仙境
链接:https://www.jianshu.com/p/6e922e9cda54
来源:简书
著作权归作者所有。商业转载请联系作者获得授权,非商业转载请注明出处。
  • 发表于 2021-05-13 20:54
  • 阅读 ( 451 )
  • 分类:R

0 条评论

请先 登录 后评论
omicsgene
omicsgene

生物信息

496 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 496 文章
  2. 安生水 249 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. CORNERSTONE 72 文章
  6. 红橙子 66 文章
  7. 生信老顽童 48 文章
  8. landy 37 文章