ggalluvial 展示ceRNA调控关系

ggalluvial 展示ceRNA调控关系

为了更好地了解lncRNAs与HCC中miRNA结合介导的mRNAs的影响,作者基于上述数据构建了一个ceRNA网络,并使用ggalluvial R软件包来显示网络。作者基于miRDB,miRTarBase和TargetScan数据库综合分析,最后使用26个DElncRNA,4个DEmiRNA和6个DEmRNA来建立ceRNA网络。此外,作者计算了每个基因的拓扑系数以说明其在ceRNA网络中的重要性。HCC中ceRNA网络的Sankey图如图二所示,其中每个矩形代表一个基因,并且基于矩形的大小可视化每个基因的连接程度。


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参考文献

Construction and comprehensive analysis of a ceRNA network to reveal potential prognostic biomarkers for hepatocellular carcinoma.


  • 发表于 2020-01-08 18:14
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