使用官方gdc-client软件下载TCGA数据

TCGA数据下载教程:使用官方gdc-client软件下载

要是有gdc-client软件下载数据,需要以下三步才能完成:


1、GDC筛选检索下载需要数据的Manifest文件

TCGA改版后,下载方式变得大为不同,数据都整合在GDC(Genomic Data Commons)的DATA PORTAL中,网址:https://portal.gdc.cancer.gov/

建议大家先从Exploration页面筛选数据再到Repository页面筛选,最后下载Manifest文件,这里以乳腺癌表达数据Manifest文件下载为例给大家说明:

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1)Exploration:在页面右边勾选自己想要的数据,然后点击 view Files in Repository,跳转到Repository页面进一步筛选.

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2)Repository:在页面选项卡选择自己需要的数据,然后点击Manifest下载:


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2、gdc-client软件安装和配置

1)下载软件地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,根据自己的操作系统下载对应的版本,这里下载windows版本。


attachments-2019-10-LL97WdGw5db1713434f9a.png2)将下载的软件解压,并放在一个自己好找的目录,例如我放在D:\TCGA目录,并且把上面下载的Manifest文件也放在相同的文件夹:


attachments-2019-10-5E9GSYNc5db170d1e7bf9.png



3、使用gdc-client下载TCGA数据


1)方法,打开windows的dos窗口,并切换到刚才的目录:D:\TCGA


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方法2,将gdc-client.exe 文件所在的目录添加到windows环境变量中,方便命令行调用:


这个软件加入环境变量,如果以后想在任何一个路径简单使用gdc-client这个命令,那就需要把这个软件的路径加到环境变量。就是在Path加入刚刚软件所在的路径即可”。具体操作如下:打开电脑控制面板->系统和安全->系统->高级系统设置->环境变量->Path->“加入你的gdc-client所在路径” ,然后应用保存。

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系统和安全

attachments-2019-10-zc3ICpxR5db17b2b84d84.png系统

attachments-2019-10-IYHzIgRq5db17b37a30ad.png高级系统设置
attachments-2019-10-VWajIKKR5db17b48f1237.png

环境变量  编辑Path

attachments-2019-10-BL0gRpMu5db17b5ba9106.png

Path添加:

attachments-2019-10-x6cRDKIw5db2574240911.png

由于gdc-client软件只能帮我们下载数据,数据的整理合并筛选等需要我们手动完成(借助perl或者python整理)。如果有R语言基础,这里推荐大家使用TCGAbiolinks下载整理数据:  https://www.omicsclass.com/article/1060


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9.全部课程可点击:组学大讲堂视频课程

  • 发表于 2019-10-24 17:38
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  • 分类:TCGA

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