25天破解“粮食杀手”草地贪夜蛾基因组

测基因组吗?25天搞定!带发文章的那种!

有这么一种害虫,主要为害玉米、水稻、甘蔗等重要经济作物,已经造成了数十亿美元的经济损失,是全球预警的重大害虫,名副其实的“粮食杀手”。

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我国也未能幸免于难,自2019年1月首次在境内被观测到至6月底,已经在近20个省份1000多个县被发现,涉及作物面积500万亩!

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它就是草地贪夜蛾Spodoptera frugiperda),今年已多次被国务院和农业部点名警示,7月份农业部还印发了《全国草地贪夜蛾防控方案》,形式迫在眉睫!

25天做完一个基因组?

想从根子上对一种生物进行防治,基因组的信息自然是少不了的。可是通常印象中,基因组项目是个慢活,从取样到出成果怎么着也得一两年,但只要形势急迫,做一个基因组的速度远超你的想象。

对于这个危害力十足的“幺蛾子”,由华大生命科学研究院和云南农业大学牵头开展了其基因组的解析工作。从5月21日采样,经历了DNA提取、测序、组装、注释,直到6月15日研究成果就已经预发表在了BioRxiv上,总共仅仅花了25天

文章重点内容速读

该研究测了一雌一雄两个个体,均组装到了染色体水平,大小约540M。在雄性基因组里预测得到了22,201个基因,发现其细胞色素p450和谷胱甘肽巯基转移酶两个基因家族发生了扩张,推测这可能和它强力的解毒能力和农药抗性有关。

通过更进一步的群体分析预测我国境内的草地贪夜蛾可能是从非洲入侵(注:这里原文说是invaded from Africa,但新华每日电讯的稿件说是从美国飞入)。这些族群信息、基因组特性、入侵预测都为害虫的防治提供了重要的帮助。

为什么我的测序这么慢?

人家做个基因组项目只花了25天,还算上文章写作,我们通常就算做个转录组小实验也得两个月,为啥呢?其实在测序公司做项目,主要时间是花在排队上转录组实验从样品寄送、RNA提取、建库、测序、数据分析,每一步都得排队。

小编算了一下,如果每一环节都能立马承接上,一个转录组项目10天之内就能出分析结果了。

所以说能自己动手的还是自己来比较快,实验我们是没法了,不可能谁都去花几百万买测序仪,但是分析环节,我们还是大有可为的,自己分析省时间、省经费。说到自己分析,那少不了学习生物信息学,说到学习生物信息学,那么自然要来组学大讲堂啦!!smiley_13.png

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参考文献:

Liu H, Lan T, Fang D, et al. Chromosome level draft genomes of the fall armyworm, Spodoptera frugiperda (Lepidoptera: Noctuidae), an alien invasive pest in China[J]. bioRxiv, 2019: 671560.


延伸阅读:

1. 充电课-转录组扫盲篇

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  • 发表于 2019-09-11 11:57
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  • 分类:基因组学

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