从GDC数据库下载TCGA的miRNA不同isoform表达量数据

从GDC数据库下载TCGA的miRNA不同isoform表达量数据

在我们的课程中介绍了TCGA下载miRNA数据的方法,但是下载的数据是miRNA 基因水平的表达量,而不是miRNA的5p 或3p的表达量。那么如何下载miRNA的5p, 3p 表达量呢?

可以参考如下的代码:

# 设置下载的参数
project <- "TCGA-CHOL"
data_category <- "Transcriptome Profiling"
data_type <- "Isoform Expression Quantification"
workflow_type <- "BCGSC miRNA Profiling"
legacy <- FALSE

# 查询可以下载的数据,有时候查询的API不稳定,需要多试几次
query <- GDCquery(project = project,
                  data.category = data_category,
                  data.type = data_type, 
                  legacy = legacy)

# 下载数据
GDCdownload(query = query,method='client')

其关键是设置data_type 为“Isoform Expression Quantification”, 这样就是不同isoform 的表达量。

  • 发表于 2019-01-04 16:14
  • 阅读 ( 271 )
  • 分类:TCGA

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