下载TCGA基因表达量文件,应该选Count,FPKM还是FPKM-UQ ?

下载TCGA基因表达量文件,应该选Count,FPKM还是FPKM-UQ ?

GDC中转录组的表达量文件有3种类型,分别对应着不同的定量方法。

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Counts 就不用说了,来看看FPKM和FPKM-UQ有啥差别,这个可以查看GDC的官方说明文档中的转录组分析部分,两者的计算公式:

FPKM Calculations

    RCg: 比对到基因上的reads数量

    RCpc: 比对到所有编码蛋白基因上的reads数量

    RCg75: 样品中75%分位对应的基因reads数目

     L: 基因的长度,为外显子长度之和

以一个计算实例来说明两者的差别:

假设在样品1中Gene A 的相关统计信息如下:

    1. Gene A的长度为:3000 

    2. 比对到Gene A上的reads数量:1000

    3. 比对所有基因上的reads数据量:1,000,000

    4. 样品1中覆盖75%基因的reads数:2000 

那么,FPKM和FPKM-UQ的计算结果如下:

    FPKM  = (1,000)*(10^9)/[(3,000)*(1,000,000)] = 333.33

    FPKM-UQ  = (1,000)*(10^9)/[(3,000)*(2,000)] = 166,666.67


那么我们一般下载那种数据比较好呢? 
如果是做差异分析的话,我建议采用counts ,毕竟有不少的差异分析的软件都是基于counts数。

如果是计算样品间的相关性,聚类等,那就可以采用均一化的FPKM,和FPKM-UQ。当然下载counts,之后进行标准化,也是可以的。

所以,一般下载counts会比较好一些。


如果你对TCGA数据挖掘有兴趣的话,可以学习我们的TCGA相关课程。

TCGA-基因差异表达分析

TCGA-生存分析

TCGA-转录因子调控

TCGA-ceRNA调控网络分析

  • 发表于 2018-06-15 14:55
  • 阅读 ( 1849 )
  • 分类:TCGA

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