NCBI - 组学大讲堂问答社区

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NCBI中SRA数据库简介

SRA数据库简介

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omicsgene 发布于 2018-11-13 22:31

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NCBI 中搜索某类基因蛋白序列技巧

NCBI上下载种子基因的蛋白质序列，可用于鉴定没有Pfamily好的基因家族。

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omicsgene 发布于 2018-11-13 21:49

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ncbi基因组数据格式转换

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安生水发布于 2018-11-09 17:32

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NCBI上下载参考基因组信息

有时候，常用的基因组收录数据库网站上没有收录我们要研究的物种的基因组，比如ensembl，JGI上都没有，这时候我们可以考虑一下NCBI上收录的基因组；但是NCBI上收录的不常见的物种注释信息往往不是很完整，而且基因和染色体编号都会重新命名，用起来很麻烦；所以除非迫不得已，一般不建议从NCBI上下载参考基因组;

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omicsgene 发布于 2018-10-18 12:00

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NCBI上传高通量测序数据到SRA数据库 aspera 支持续传

Aspera command line upload 数据，最只要的支持续传，如果数据量比较大的话建议用命令行的方法上传，不然，网页上传一旦断开，又得重新上传；

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omicsgene 发布于 2018-08-30 20:03

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NCBI上传二代测序数据需要的作者信息

SRA提交数据，作者信息

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omicsgene 发布于 2018-08-24 17:01

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NCBI数据库当中下载基因组序列，cds序列，蛋白质序列等

NCBI下载物种基因组的信息

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omicsgene 发布于 2018-08-01 10:30

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利用NCBI当中的CD-search工具预测基因的保守结构域

搜索鉴定基因的保守结构域，应该用专门搜索基因的保守结构域工具CD-search，而不是简单的用blast搜索注释。快速找到这个基因上的保守结构域，对研究基因的功能是非常重要的，因为行驶相同相近功能的基因往往具有相同的保守结构域！

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omicsgene 发布于 2018-07-23 12:11

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利用NCBI和Pfam数据库查找基因家族保守结构域相关信息

相近功能基因的检索方法，如何利用pfam数据库下载隐马尔科夫hmm文件。

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landy 发布于 2018-04-23 14:05

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ensembl和NCBI基因组下载，基因序列下载查看

参考基因组下载，Ensembl，NCBI，JGI等网站下载使用，可视化浏览,基因查看与下载等；

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omicsgene 发布于 2018-04-22 14:59

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从NCBI当中SRA数据库中下载高通量测序数据

用迅雷替代官方的prefetch批量下载SRA测序数据，更快更稳定！

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omicsgene 发布于 2018-04-22 14:37

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NCBI批量下载数据,省时又省力

对于从NCBI大批量的进行数据下载，手动操作无疑是一项沉重的工作，因此可以批量下载数据的方法十分必要。本文介绍如何实现这一方法及后续的一些数据处理方法。

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安生水发布于 2018-04-22 10:47