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文章 ANNOVAR注释变异VCF结果说明

...对这些变异进行注释，ANNOVAR利用 ANNOVAR（http://www.openbioinformatics.org/annovar/）（Wang K et al.2010）软件对 SNP 进行注释，其中包括 dbSNP 数据库、千人基因组计划和其他已有的数据库的注释信息，注释内容涵盖变异的位置信息，类型，...

文章 技巧总结：Annexin V/PI法测细胞凋亡中的注意事项

...格控制胰酶处理时间在1分钟内。 三、胰酶消化，加EDTA or not? EDTA螯合钙离子，影响Annexin V和细胞膜上的蛋白结合，因此许多凋亡试剂盒的protocol都特别标明，用于细胞凋亡实验的胰酶不能含有EDTA。从另一个方面讲，胰酶中加入...

文章 WGCNA、生存分析、ROC共同筛选biomarker

..., Wei B, et al. Candidate Biomarkers and Molecular Mechanism Investigation for Glioblastoma Multiforme Utilizing WGCNA[J]. BioMed research international, 2018. 相关课程： TCGA-基因差异表达分析、 TCGA-生存分析 、 GEO芯片数据挖掘、GEO芯片数据标准化、WGCNA-...

文章 相关性分析及散点图绘制-脚本使用

...于生信分析中。 例如：在一篇2021年发表于Briefings in Bioinformatics上的影响因子为11.62的文献中，作者大量地进行相关性分析并绘制了散点图，更好地展示了相关性分析的结果。 下图是文献中免疫相关预后评分(IRPS)与一些决定肿...

文章 基因/蛋白序列结构图绘制-IBS的使用

...save：保存。 3. 输入蛋白质ID生成图在IBS网站首页点击FOR DATABASE，目前只支持uniprot一个蛋白数据库，可以直接搜索蛋白质的ID进行绘图，不过小编体验了一下，目前网站存在故障未能运行，不过小编觉得上面2种方式就已经够用...

文章 TCGA数据库重大更新-数据如何下载？

...如下： #安装最新的 TCGAbiolinks R 包 BiocManager::install("BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks") #一个方法，可以将ensembl ID 转换成 gene name ensemblToName<-function(expr,gene.info){ expr=as.data.frame(expr) #顺序保持一致 gene.info<-as.data.frame(gene.info) row....

文章 重磅：全球科学家排行榜出炉！中国科学家排名最高的是......

...yack KW, (2019). A standardized citation metrics author database annotated for scientific field.PLoS Biol 17(8): e3000384. 你可能会看到很多熟悉的名字哦~ 生物女学霸，一个自称学霸其实很渣的生物汪，努力将有趣的、有用的、有血有肉的科研那些事儿...

文章 兰花发育中器官发生的时空图谱数据下载示例

...： wget -c "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE198128&format=file" -O GSE198128_RAW.tar 样本信息 #series_sample_iddevelopmental_stagetissuecodeSRRslideGSM5939574bud1-6FlowerAM559-ST-010001SRR18292617slide1GSM5939575bud7FlowerAM559-ST-010003SRR18292616slide2GSM5939576bud8Fl...

问题 位点注释老师出错，跑不出想要的VCF+txt文件,使用annotate_variation.pl不会报错

...n> Error: invalid record found in exonic_variant_function file (exonic format error): <line3523389 nonsynonymous SNV       Os10g0100200:Os10t0100200-01:exon1:c.G87C:p.W29C        chr10      44989   44989   G       C       .       .       .       chr10   44...

文章 快速了解转录调控家族的新贵-circRNAs

... Jinfeng Wang, and Fangqing Zhao.CIRI: an efficient and unbiased algorithm for de novo circular RNA identification.Genome Biol. 2015; 16(1): 4. Chen G, Cui J, Jin B al.Genome-Wide Identification of Circular RNAs in Arabidopsis thaliana.Front Plant Sci. 2017 Sep 27;8:1678.

文章 代谢组数据上传NGDC！简单又快捷！

...base Resources of the National Genomics Data Center, China National Center for Bioinformation in 2021”为题在国际学术期刊《核酸研究》(Nucleic Acids Research)在线发表。 NGDC常用数据库 生物项目数据库（BioProject）：是收集与共享生物学研究项目信息的...

文章 Python 操作 读取 写出 Excel 文件 提高工作效率

... style.font = font return style sheet = workbook.add_sheet("memeda") for i in range(0, 100): sheet.write(i, 0, "memeda", get_style(i)) workbook.save('memeda.xls') 更多python课程可观看： https://bdtcd.xetslk.com/s/2bdd89

文章 群体遗传进化与GWAS分析动植物文献

...nome-wide Association Study Identifies Genomic Regions and Candidate Genes for Important Agronomic Traits in Wheat·        基础数据:本研究中，通过对来自于我国黄淮麦区、北方冬麦区、西南麦区和长江中下游麦区等小麦主产区的768份优良小麦品种（...

文章 Bowtie2使用方法与参数详细介绍

... as: -D 5 -R 1 -N 0 -L 22-i S,0,2.50--fast Same as: -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -iS,0,2.50--sensitive Same as: -D 15 -R 2 -N 0 -L 22-i S,1,1.15 (default in --end-to-endmode)--very-sensitive Same as: -D 20 -R 3 -N 0-L 20 -i S,1,0.50–loca模式下的预设参数--very-fast-local Same as: -D 5 -R 1 -N 0-L ...

文章 2维韦恩图各部分基因上下调数量统计

...这时就可以使用下面的代码了。 用法如下： perl venn_up_or_down.pl  -in All_DEG_venn.xls  -id1 left_DEG.final.xls  -id2 right_DEG.final.xls  -k trans_full_table.xls -od out 该脚本的输入文件都为转录组分析结果文件，All_DEG_venn.xls是画韦恩图时生成...