基因/蛋白序列结构图绘制-IBS的使用
上一期给大家介绍了信号肽的预测方法，详见：蛋白信号肽预测—SignalP使用详解，今天继续给大家分享一款简单好用的核酸、蛋白序列结构绘图软件，该软件可以轻松绘制出序列的各种序列结构，可以让您更好的展示你的基因/蛋白。
IBS简介
IBS是一款简单易用、专业的核酸和蛋白质生物序列图绘制软件，是华中科技大学薛宇教授的团队CUCKOO制作，内置蛋白质序列和核酸序列的多种模板和推荐配色，相当的好用，网站地址：http://ibs.biocuckoo.org/界面如下：
IBS的下载
IBS可以下载到本地使用，也可以在线使用，两者主要差别是下载版有35个蛋白样品图和27个核酸样品图，在线版只有20个蛋白样品图和20个核酸样品图。如下图，点击主菜单栏download，IBS已经更新了4个版本，根据需求选择Windows或者Mac等版本，如果不是JAVA的运行环境，需要先安装运行JAVA（ https://www.java.com/ ）。
使用在线版则点击download右侧WEB SERVER即可。
IBS绘图
想要绘制基因或蛋白的序列结构图，首先要知道该基因/蛋白的结构及位置信息，查询网站可以选择以下三个数据库：Ensembl：http://grch37.ensembl.org/Homo_sapiens/Info/IndexNCBI：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Uniprot：https://www.uniprot.org/有了序列结构信息就可以登录IBS网站绘图了，线上版IBS有三种绘制方法：1、自定义画图；2、模板上修改；3、输入蛋白质ID生成图；下面我们逐一介绍：1. 自定义画图进入IBS后，点击WEB SERVER在线操作，点击新建画布，按照绘制需求设置参数即可，具体参数内容见下图。
2. 模板上修改如下图，Mode框里选择核酸还是蛋白，Demo下拉框里有20个模板样式，选择合适的模板进行修改即可。
鼠标单击结构图每个元素单元即可选中，选中后按住左键可以左右拖动，右键即可显示编辑任务栏，各参数如下：Edit：编辑元素的颜色、形状、纹理等；Add：添加元素；Duplicate：重复添加选中的元素；Delete：删除；Move：移动；Zoom In：放大画布；Zoom out：缩小画布；save：保存。
3. 输入蛋白质ID生成图在IBS网站首页点击FOR DATABASE，目前只支持uniprot一个蛋白数据库，可以直接搜索蛋白质的ID进行绘图，不过小编体验了一下，目前网站存在故障未能运行，不过小编觉得上面2种方式就已经够用了。
好了，IBS的绘图技能你get到了吗？动手试试吧！
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- 发表于 2022-01-19 22:14
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- 分类：软件工具
