基因/蛋白序列结构图绘制-IBS的使用

上一期给大家介绍了信号肽的预测方法,详见:蛋白信号肽预测—SignalP使用详解,今天继续给大家分享一款简单好用的核酸、蛋白序列结构绘图软件,该软件可以轻松绘制出序列的各种序列结构,可以让...

上一期给大家介绍了信号肽的预测方法,详见:蛋白信号肽预测—SignalP使用详解今天继续给大家分享一款简单好用的核酸、蛋白序列结构绘图软件,该软件可以轻松绘制出序列的各种序列结构,可以让您更好的展示你的基因/蛋白。

IBS简介

IBS是一款简单易用、专业的核酸和蛋白质生物序列图绘制软件,是华中科技大学薛宇教授的团队CUCKOO制作,内置蛋白质序列和核酸序列的多种模板和推荐配色,相当的好用,网站地址:http://ibs.biocuckoo.org/界面如下:

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IBS的下载

IBS可以下载到本地使用,也可以在线使用,两者主要差别是下载版有35个蛋白样品图和27个核酸样品图,在线版只有20个蛋白样品图和20个核酸样品图。如下图,点击主菜单栏download,IBS已经更新了4个版本,根据需求选择Windows或者Mac等版本,如果不是JAVA的运行环境,需要先安装运行JAVA( https://www.java.com/ )

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使用在线版则点击download右侧WEB SERVER即可。

IBS绘图

想要绘制基因或蛋白的序列结构图,首先要知道该基因/蛋白的结构及位置信息,查询网站可以选择以下三个数据库:Ensembl:http://grch37.ensembl.org/Homo_sapiens/Info/IndexNCBI:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Uniprot:https://www.uniprot.org/有了序列结构信息就可以登录IBS网站绘图了,线上版IBS有三种绘制方法:1、自定义画图;2、模板上修改;3、输入蛋白质ID生成图;下面我们逐一介绍:1. 自定义画图进入IBS后,点击WEB SERVER在线操作,点击新建画布,按照绘制需求设置参数即可,具体参数内容见下图。

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2. 模板上修改如下图,Mode框里选择核酸还是蛋白,Demo下拉框里有20个模板样式,选择合适的模板进行修改即可。

attachments-2022-01-yAjVpNsh61e81c4210e92.jpg鼠标单击结构图每个元素单元即可选中,选中后按住左键可以左右拖动,右键即可显示编辑任务栏,各参数如下:Edit:编辑元素的颜色、形状、纹理等;Add:添加元素;Duplicate:重复添加选中的元素;Delete:删除;Move:移动;Zoom In:放大画布;Zoom out:缩小画布;save:保存。

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3. 输入蛋白质ID生成图在IBS网站首页点击FOR DATABASE,目前只支持uniprot一个蛋白数据库,可以直接搜索蛋白质的ID进行绘图,不过小编体验了一下,目前网站存在故障未能运行,不过小编觉得上面2种方式就已经够用了。

attachments-2022-01-k1mYCcKo61e81c892636c.jpg好了,IBS的绘图技能你get到了吗?动手试试吧!

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  • 发表于 2022-01-19 22:14
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  • 分类:软件工具

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红橙子
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