基因/蛋白序列结构图绘制-IBS的使用

上一期给大家介绍了信号肽的预测方法,详见:蛋白信号肽预测—SignalP使用详解,今天继续给大家分享一款简单好用的核酸、蛋白序列结构绘图软件,该软件可以轻松绘制出序列的各种序列结构,可以让...

上一期给大家介绍了信号肽的预测方法,详见:蛋白信号肽预测—SignalP使用详解今天继续给大家分享一款简单好用的核酸、蛋白序列结构绘图软件,该软件可以轻松绘制出序列的各种序列结构,可以让您更好的展示你的基因/蛋白。

IBS简介

IBS是一款简单易用、专业的核酸和蛋白质生物序列图绘制软件,是华中科技大学薛宇教授的团队CUCKOO制作,内置蛋白质序列和核酸序列的多种模板和推荐配色,相当的好用,网站地址:http://ibs.biocuckoo.org/界面如下:

attachments-2022-01-USBR9tHJ61e81bd9b8cb4.jpg

IBS的下载

IBS可以下载到本地使用,也可以在线使用,两者主要差别是下载版有35个蛋白样品图和27个核酸样品图,在线版只有20个蛋白样品图和20个核酸样品图。如下图,点击主菜单栏download,IBS已经更新了4个版本,根据需求选择Windows或者Mac等版本,如果不是JAVA的运行环境,需要先安装运行JAVA( https://www.java.com/ )

attachments-2022-01-RzG5McrG61e81bfb6e15c.jpg

使用在线版则点击download右侧WEB SERVER即可。

IBS绘图

想要绘制基因或蛋白的序列结构图,首先要知道该基因/蛋白的结构及位置信息,查询网站可以选择以下三个数据库:Ensembl:http://grch37.ensembl.org/Homo_sapiens/Info/IndexNCBI:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Uniprot:https://www.uniprot.org/有了序列结构信息就可以登录IBS网站绘图了,线上版IBS有三种绘制方法:1、自定义画图;2、模板上修改;3、输入蛋白质ID生成图;下面我们逐一介绍:1. 自定义画图进入IBS后,点击WEB SERVER在线操作,点击新建画布,按照绘制需求设置参数即可,具体参数内容见下图。

attachments-2022-01-PMSs4w6161e81c1bf15ee.jpg

2. 模板上修改如下图,Mode框里选择核酸还是蛋白,Demo下拉框里有20个模板样式,选择合适的模板进行修改即可。

attachments-2022-01-yAjVpNsh61e81c4210e92.jpg鼠标单击结构图每个元素单元即可选中,选中后按住左键可以左右拖动,右键即可显示编辑任务栏,各参数如下:Edit:编辑元素的颜色、形状、纹理等;Add:添加元素;Duplicate:重复添加选中的元素;Delete:删除;Move:移动;Zoom In:放大画布;Zoom out:缩小画布;save:保存。

attachments-2022-01-VkCZe6v361e81c62e0f77.jpg

3. 输入蛋白质ID生成图在IBS网站首页点击FOR DATABASE,目前只支持uniprot一个蛋白数据库,可以直接搜索蛋白质的ID进行绘图,不过小编体验了一下,目前网站存在故障未能运行,不过小编觉得上面2种方式就已经够用了。

attachments-2022-01-k1mYCcKo61e81c892636c.jpg好了,IBS的绘图技能你get到了吗?动手试试吧!

日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表,不会挖掘的数据,没有思路的文章,沟通不畅的个性化分析,求人不如求己,一切痛点都能解决:

1. 单细胞/空间转录组正在大火,高分文章必备,0基础学单细胞/空间转录组分析,做更牛的个性化分析,绘更漂亮的图,点这个链接:单细胞/空间转录组分析实操 

2. 2区文章发文新思路,0实验就能发文章,省钱省时间,套路化内容好写易发表,0基础学习最新版基因家族分析/泛基因家族分析链接:最新基因家族分析 ;最新版泛基因家族分析

3. 转录组越做越普遍,实验必备,看不懂结果?不会深入分析?自学都可以搞定,学习链接:有参转录组自主分析实操 转录组与代谢组结果解读/个性化数据分析 ; 

4. 代谢组分析硬件要求不高,个人电脑就可以分析,0基础学习链接:代谢组分析实操

3. 现在才是发表T2T基因组/泛基因组文章的好时机,成本低,好发表,做好高级个性化分析发表高分1区不是梦!T2T基因组/比较基因组/泛基因组分析学习链接:T2T基因组组装与注释分析动植物泛基因组分析 ;比较基因组分析

4. 群体重测序遗传进化分析+GWAS文章,篇篇10+分,缩短分析周期,提升文章亮点,勇敢冲击NGS顶刊,学习链接:群体遗传进化GWAS分析 ;

5. 传统图位克隆研究方法经久不衰,有遗传群体,有性状,自己就可以做,学习链接:遗传图谱构建与QTL分析

6. 微生物16S/18S/ITS多样性分析和宏基因组分析,学习链接:宏基因组分析 ;微生物16S/18s/ITS多样性分析

7. 细胞器基因组与比较基因组分析是真正的无需实验就可以发表2区期刊的文章思路,成本低,文章好发,性价比极高,学习链接:线粒体基因组分析实操 ;叶绿体基因组分析实操

8. 数据分析硬件利器,个人分析能力的倍增器,好用便宜的云生信服务器,专门为高通量测序数据分析而生,了解链接:云生信服务器

9. 免费好课,个人能力提升,生信入门,不可错过,内容涵盖:生信语言与工具基础、R语言绘图、常见科研绘图、数据处理技能等,免费好课总入口:

点我开启学习之旅

10. 更多学习内容:linux、perl、R语言画图,更多免费课程请点击进入组学大讲堂网校学习


  • 发表于 2022-01-19 22:14
  • 阅读 ( 9361 )
  • 分类:软件工具

0 条评论

请先 登录 后评论
红橙子
红橙子

81 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 723 文章
  2. 安生水 360 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. xun 88 文章
  6. rzx 85 文章
  7. 红橙子 81 文章
  8. CORNERSTONE 72 文章