最近在做一些蛋白质组的项目，项目中需要计算蛋白质的等电点。网络上有很多网站能提供相应计算服务，但是都是针对单条蛋白质序列进行计算，而我需要计算蛋白质组中所有蛋白序列的等电点。采用Bioython中的几个函数进行...
...物有些了解的也知道，一个mRNA即是一个转录信息， 这个和注释过后的序列文件也是一一对应的。第四列和第五列分别为基因的第三列信息在染色体上的物理位置。第七列则表示基因位于正链上还是负链上。第八列是相位信息。...
...艳的、勇敢的...... 每一张图片背后，都有深远的意义，一起来跟学霸姐姐瞅瞅? 1，黑洞 这个自然不必说，2019年，人来首次观察到黑洞影像，其中的重大意义不言而喻。 2，顺其自然 这张图片乍一看没什么特别，但是你要...
...进行OS生存分析，参数和结果见下图，一秒出结果！ 怎么样？是不是很简单快捷！赶快动手试试吧！ 相关课程： TCGA-基因差异表达分析、 TCGA-生存分析 、 GEO芯片数据挖掘、GEO芯片数据标准化、WGCNA-加权基因共表达...
...液微生物组的定义，通过大规模宏基因组采样对UTIs患者和健康人群的泌尿系统微生物组进行全面调查来判断微生物组在实际医疗检验中的作用。 实验设计 根据标准尿液培养类型将患者分为4组：（1）培养阳性组（Culture positiv...
...Python的绘图流程往往涉及繁琐的文件处理、颜色搭配调试和图例优化等，让研究者耗费大量时间，更是令生信新手望而生畏。AI大模型的介入彻底改变了这一局面。只需提供您的不同组学数据，并用自然语言描述定制需求，AI即...
...因表达数据、列为样本信息（如下图20*6）： 确保安装和加载包之后，正确读取文件，获取数值矩阵即可进行绘图： library(pheatmap)mat=read.table("F:/mat.txt",header = T,row.names = 1,sep="\t",check.names = F)dim(mat)pheatmap(mat) 利用pheatmap一...
... $ zcat ???.cb_R1.fastq.gz | grep -c '^+' > AAA.txt把reads整合在一起，把三次 R1.fastq.gz 做三次得到AAA.txt AAAA.txt AAAAA.txt（虽然觉得方法有点蠢，后面想用perl脚本写一行代码）
... 我们用10fold 交叉验证的方法排除共线性严重的基因优化和简化模型。该分析可以使用R包glmnet(Friedman et al. 2010)完成。 注：LASSO为寻找最佳的模型，引入变量λ (lambda 又叫收缩算子、模型系数比、调优系数或惩罚值) 随着λ增加...
...发现转录组文章还是可以发，但是文章内容有了新变化，一起来看一下吧！ 小编打开熟悉的期刊BMC Genomics，映入眼帘的一篇3月12日见刊的题为“Transcriptomes analysis reveals novel insight into the molecular mechanisms of somatic embryogenesis in Hevea...
...介绍两个延伸功能。第一是能将进化树跟基因结构结合在一起，第二除了进化树和基因结构还能添加基因的其他结构信息例如motif或者是domain。 首先我们将进化树跟基因结构结合在一起，先导入基因结构数据文件，点击下图绿...
...ogical Macromolecules（IF=6.953，中科院分区：2区），下面我们一起看看这篇文章内容。 文章简介 海藻糖在植物的代谢、生长发育和抗逆性等方面发挥着重要作用，而海藻糖-6-磷酸合成酶(TPS)和海藻糖-6-磷酸磷酸酶(TPP)在海藻糖合成...
# 加载需要的包library(SummarizedExperiment)library(TCGAbiolinks) #下载Copy Number Variation数据 query <- GDCquery(project = "TCGA-CHOL", data.category = "Copy Number Variation", data.type = "Copy Number Segment") ...
有一个fasta格式的文件，怎么创建一个id和序列对应的哈希，并对哈希进行遍历，结果输入到一个文件中