多个fastaq.gz文件里批量了解reads个数
最近在学习Linux和perl，所以有些‘专业名词’没说准，抱歉抱歉（对自己也是一个警醒）
今天就碰到这样一个问题
有一个目录，里面是双端测序的结果，所以同一个fastq文件分为*.R1 和 *.R2，但查看reads时只要一个就够了，我做了$ zcat A121.cb_R1.fastq.gz | grep -c '^+' 这个步骤得出30413839
这个结果，但有很多fastq.gz ，所以先用find ???.cb_R1.fastq.gz 和find ????.cb_R1.fastq.gz 和 find ????.cb_R1.fastq.gz这三个命令得出了双端测序结果中所有的R1.fastq.gz文件，于是想用
$ zcat ???.cb_R1.fastq.gz | grep -c '^+' > AAA.txt把reads整合在一起，把三次 R1.fastq.gz 做三次得到AAA.txt AAAA.txt AAAAA.txt（虽然觉得方法有点蠢，后面想用perl脚本写一行代码）
最佳答案 2018-08-08 22:10
fastq文件有规律：4行为一条记录，统计一下行数最后除以4就得到read的数量,更多fastq说明《illumina二代测序原理及fastq视频课程》;
批量获取文件的行数可写一个循环：
统计当前目录下的以fastq.gz结尾文件的行数：
ls *fastq.gz|while read a;do echo "$a";zcat $a |wc -l ;done
如果觉得我的回答对您有用，请随意打赏。你的支持将鼓励我继续创作！
