最新2区SCI思路解析—杨树TPS/TPP基因家族的系统分析

2区文章很难发吗?对某些人是可望不可求;对另一些人则是信手拈来!这是命吗?不是,是你选择的研究思路问题,思想转变一下,你也可以轻松发2区期刊!今天小编继续用一篇最新见刊的文章给您启发...

2区文章很难发吗?对某些人是可望不可求;对另一些人则是信手拈来!这是命吗?不是,是你选择的研究思路问题,思想转变一下,你也可以轻松发2区期刊!
今天小编继续用一篇最新见刊的文章给您启发,该文章于2021年7月21日发表于期刊:International Journal of Biological Macromolecules(IF=6.953,中科院分区:2区),下面我们一起看看这篇文章内容。

文章简介

海藻糖在植物的代谢、生长发育和抗逆性等方面发挥着重要作用,而海藻糖-6-磷酸合成酶(TPS)和海藻糖-6-磷酸磷酸酶(TPP)在海藻糖合成过程中起着关键性作用,杨树中仍未见关于TPS和TPP综合分析的报道,故作者在基因组水平上对上述两个基因家族进行了系统分析,为TPS和TPP深入研究及杨树遗传育种研究奠定基础。

结果内容

1. 杨树中PtTPS和PtTPP家族成员的鉴定
作者以拟南芥AtATPS和AtTPP序列为种子序列通过blast在杨树中共鉴定到13个PtTPS和10个PtTPP,并通过DNAMAN软件探究这两个家族基因在杨树和拟南芥2物种间的相似性。

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2. 杨树中PtTPS和PtTPP家族成员的理化性质接下来作者分析了PtTPS和PtTPP家族成员的理化性质,包括CDS长度、等电点、平均亲水性、亚细胞定位预测等,详见上图Table1/2。3. 杨树中PtTPS和PtTPP家族成员蛋白保守结构域分析作者分析了PtTPS和PtTPP两家族各自成员间Motif保守序列的差异。

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4. 杨树中PtTPS和PtTPP家族成员顺式作用元件分析作者截取PtTPS和PtTPP家族成员转录起始点前2000bp序列进行顺式作用元件分析。

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5. 杨树中PtTPS和PtTPP家族成员系统发育分析作者引入外源物种拟南芥、大豆、水稻、苹果与杨树的PtTPS和PtTPP家族成员一起绘制系统发育树。

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6. 杨树中PtTPS和PtTPP家族成员软色体位置为了明确杨树中PtTPS和PtTPP家族成员在基因组分布特点,作者绘制了两家族基因染色体位置图。

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7. 杨树中PtTPS和PtTPP家族成员蛋白结构特征作者进一步分析PtTPS和PtTPP家族成员二级结构特征及3D三维结构。

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8. 杨树中PtTPS和PtTPP家族在不同组织及不同环境下的表达情况作者从NCBI-GEO数据库下载的杨树不同组织及不同环境下的基因表达数据,分析了PtTPS和PtTPP家族成员在不同组织(叶、茎尖、根)及不同处理下(水杨酸、茉莉酸甲酯处理,干旱处理)的表达情况,绘制的表达热图如下:

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9. 雄性和雌性花蕾的基因表达作者又通过RT-QPCR测定了杨树不同发育阶段雄性花芽和雌性花芽中PtTPS和PtTPP家族成员表达模式的变化。

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总结

以上就是该篇文章全部分析内容,回头看一下其实也很简单,并没有什么高深的分析或者实验,大部分是生信分析内容,2区期刊文章也不过如此!(组学大讲堂公众号下提交关键词“杨树下载原文献我们《基因家族实操分析》培训班所教的分析内容远多于该文章展示的内容,培训内容如下:1、检索基因家族成员蛋白保守结构域,鉴定基因家族成员;2、基因结构分析及绘图;3、基因在染色体上的位置分析及绘图;4、启动子区域序列提取及预测顺势作用元件;5、构建系统进化发育树;6、基因家族成员Motif分析及绘图;7、MCScanX共线性分析,绘制基因组内基因家族成员共线性circos图;8、计算串联重复基因的KA/KS;9、和其他物种间的基因组共线性分析及绘图;10、结合转录组数据绘制家族基因的表达量热图;11、家族基因亚细胞定位分析;12、家族基因蛋白序列多序列比分析及绘图;13、家族基因蛋白质3D结构分析;14、家族基因蛋白质互作网络分析;以上这14项分析内容绝对满足2区及以上文章的撰写,学会以上分析,2区文章还用愁吗?假如您对基因家族分析感兴趣,就来参加我们第17期《基因家族实操分析》培训班吧!3天时间学会分析技能,实现SCI自由!

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