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问题 vegan包问题请教

...问按照vegan包绘制物种累积曲线的时候,最后得不到图的结果,而得出以下内容: require(vegan)> otu <- read.table("C:/Users/CHEN/Desktop/otu_table.txt", header = T,+                   sep = "\t",row.names=1)> all <- specaccum(otu, method = "random")...

问题 请问老师我同学做简化基因组做物种鉴定,遇到这种问题。

...的序列上改一些核苷酸编码筹够另外2条吗?老师急着要结果  同学急着毕业,测序公司在WH,近期公司也不能工作。  很急!

文章 进化树构建的方法及原理详解

...得最慢的贝叶斯法确是最准确,而算得最快的基于距离法结果确是最粗糙。从实用的角度,建议使用最大似然法。因为这种方法无论从速度还是准确度都比较适中。 进化树构建方法讲解 虽然软件可以快速自动地完成系统发生...

文章 转录组扫盲系列--转录组如何建库?

...对转录组了解吗?知其然,更要知其所以然,才能对数据结果理解更深入,从本期起,小编给大家详细介绍下转录组实验及分析过程,里面肯定有你不知道的知识,赶紧get下吧!今天先介绍转录组建库原理。 RNA提取 转录组测...

问题 转录组的差异基因的注释

...是不是所要的目的基因?还是说,只要数据库里有注释到搜索的关键词,就可以默认有这个基因。

文章 perl 多线程

...一个简单的实例。从KEGG数据库(http://www.genome.jp/kegg/)上搜索同源序列。所需文件:seqname.txt(用于存放需要搜索的序列KEGG名称);源码: use strict;use warnings;use threads;use SOAP::Lite;use Cwd;my $path=getcwd;my $wsdl = 'http://soap.genome.jp/K...

问题 WGCNA分析中模块与性状相关性与MM vs GS相反?

WGCNA分析中,在某红色格子里成负相关(p<0.05),然后在做Module membership vs. gene significance时,结果反而为正相关,也有意义,可以帮我解释一下吗?性状都是二分类,0,1. 谢谢!

问题 请教:基因与mRNA的对应关系分析不正确

...基因与mRNA的对应关系,命令同w.sh文件里的命令,得到的结果如下,出现这种情况怎么办?

文章 影响GWAS关联分析好坏的因素

...功效和FDR值;b、模拟causative SNP(红色方块)并不是检测结果最显著的。[31] 那么如何提高稀有变异或微效基因的检测功效呢?解决的方法包括提高样本数、只针对目标区域进行基因分析和研究、提高遗传多样性、降低遗传背...

问题 泛基因家族分析-SV和表达量

...filter.xls ${ref} 以上这个命令。 1.我WRKY_gene_fpkm.filter.xls的结果为啥是同一个ID会重复对应同一个品系基因组? 2.不需要的基因是指什么基因?能否通俗的解释一下呢。‘不需要的基因’这个是根据PAV_gene.list判断的吧

文章 转录组分析时,影响差异基因数量的因素有哪些?

...样品间的相似性就越高,组内的差异小于组间,差异分析结果就会更准确。

问题 不同胁迫处理以及不同类型的RNAseq数据denovo组装

...于不同批次测序类型也不一样,有双端测序也有单端测序结果。样品是各种用胁迫处理,比如说高温低温干旱处理还有对照 这些样品我在做组装的时候用哪一个好?数据类型不一样能放在一起组装么? 用什么软件会更好一点...

文章 KEGG富集分析弦图绘制

...果如下 注:标题node可通过layers区进行修改删除 四、结果图导出,可保存为不同格式。 svg格式可通过AI进行细节修改,比如为连线添加边框线。 最终结果图如下 ************************************************************************** ...

问题 老师,您好,请问一下Urate oxidase的pfam号是什么呢?我感觉我找的不对

请问是这个红框吗? 我用谷歌学术搜索也没找到相应的pfam号。拜托您啦  感谢老师

问题 所有基因都只含一个相同的结构域,没有其他结构域了

从pfam找到基因家族的HMM模型,搜索物种的蛋白质数据库,得到了10个该基因家族的基因, 但是拿到ncbi和pfam去做蛋白质结构域检测,发现,这10个基因的结构域除了都只含有同一个结构域,没有包含其他的结构域了,这正常吗?...