5 转录组的差异基因的注释

老师: 您好!打扰了,我做了一个有参转录组,但是有几个问题不太明白,想请教您。 1.公司给的测序数据,用得到的差异基因的核苷酸序列去NCBI上找,找不到对应的基因,是因为有可能选择的基因组没有上传到NCBI吗?如果这样的基因比较多,是否需要考虑更换基因组? 2.在得到的全部差异基因中,按功能注释查找目的基因,可能会出来好几条差异基因,这样的情况下是不是需要把每条的核苷酸序列都拿到NCBI上进行比对,以确定是不是所要的目的基因?还是说,只要数据库里有注释到搜索的关键词,就可以默认有这个基因。

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2 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

有参转录组,要到参考基因组中去找;当时做分析,一般公司都会和你沟通用哪个参考基因组,不能直接到NCBI上搜索;

一般公司做了转录组,都会有基因的注释信息,你不用再到NCBI上去注释;  想研究某个功能直接在注释里面搜索关键字就好了;


对转录组分析不了解建议学习:转录组(有参)结果解读转录组(无参)结果解读

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cherish_木

老师,如果当时公司做的时候直接选用了一个基因组,后来让提供参考基因组信息的时候说找不到参考基因组的来源了,但确定是这个物种的,那这样的数据能用来发表文章吗?

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  • cherish_木 提出于 2019-09-25 15:25

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