KEGG富集分析弦图绘制
在阅读文献过程中经常可以看到一些比较复杂的弦图，比如说《A simplified herbal formula for the treatment of heart failure: Efficacy, bioactive ingredients, and mechanisms》这篇论文中的弦图（下图所示），首先该图总体想要传递的信息为不同基因所对应的KEGG通路，其次细分下来还包含了不同样本的基因表达量水平，高表达为红色，低表达为蓝色，白色为正常表达量。
这样的一个复杂的弦图，我们可以通过在线工具Charticulator来实现。Charticulator 是微软研究院2018年推出的一款可视化工具，可以通过交互创作的方式制作图表类型模板。（链接：https://charticulator.com/app/index.html）
Charticulator的用户界面如下图所示，可以看到基本上跟Photoshop等软件类似，包括数据面板（左侧）、Glyph画布（中间上部）、图层面板（中间中部）、可视化属性面板（中间下部）和Chart画布（右侧大面积区域）。
然后有一系列密密麻麻的按钮排列在上侧，从左到右分别是Mark(各种标记)、DDG、nestchart(为了做多层嵌套图表而设计新按钮，在论文中并未涉及，是后期加上的实验性功能)、Guide(辅助线)、PlotSegment(图表分块)、Scaffold(布局脚手架)。与数据绑定的交互一致，这些按钮都遵循拖拽的方式使用。
以上面的弦图为例，简单介绍Charticulator的用法。
一、整理数据
1.连线信息（基因与信号通路的对应信息），如下图所示
2.节点信息（统计每一通路对应基因数目，以及每一基因对应的通路数目，基因表达水平分类，节点类型），如下图所示
注：id为基因名或通路名称，total为通路对应基因数目或基因对应的通路数目，C、H7、H14基因在不同样本中的表达量水平（1为中表达，0为低表达，2为高表达，3为通路），type为节点类型（gene或pathway）
二、导入数据
三、绘制弦图，在绘制弦图前首先捋清楚弦图的各个元素，并排列各个元素的优先顺序，类似PS中的图层。
1.连线links
注：Attribute区Type可调整连线样式
最终连线样式：
2.添加基因矩形
由于还要突出不同样本的基因表达量水平，因此优先绘制基因矩形，基因矩形的叠加顺序从下至上依次为外圈、中圈、内圈
(1).外圈
(2).重复1，2步骤，添加中圈矩形
重复4，5步骤来填充中圈颜色，可添加矩形边框
(3).内圈同上
效果如下
3.添加通路矩形
4.调整links颜色与通路颜色一致
调整后效果如下
5.添加基因与通路名称
最后调整文本大小，使其相适应
效果如下
注：标题node可通过layers区进行修改删除
四、结果图导出，可保存为不同格式。
svg格式可通过AI进行细节修改，比如为连线添加边框线。
最终结果图如下
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除弦图以外，该工具还可绘制多种图形，以下为一些样式图：
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- 发表于 2022-06-15 13:29
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- 分类：软件工具
