KEGG富集分析弦图绘制

KEGG富集分析弦图绘制

在阅读文献过程中经常可以看到一些比较复杂的弦图,比如说《A simplified herbal formula for the treatment of heart failure: Efficacy, bioactive ingredients, and mechanisms》这篇论文中的弦图(下图所示),首先该图总体想要传递的信息为不同基因所对应的KEGG通路,其次细分下来还包含了不同样本的基因表达量水平,高表达为红色,低表达为蓝色,白色为正常表达量。

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这样的一个复杂的弦图,我们可以通过在线工具Charticulator来实现。Charticulator 是微软研究院2018年推出的一款可视化工具,可以通过交互创作的方式制作图表类型模板。(链接:https://charticulator.com/app/index.html)

Charticulator的用户界面如下图所示,可以看到基本上跟Photoshop等软件类似,包括数据面板(左侧)、Glyph画布(中间上部)、图层面板(中间中部)、可视化属性面板(中间下部)和Chart画布(右侧大面积区域)。

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然后有一系列密密麻麻的按钮排列在上侧,从左到右分别是Mark(各种标记)、DDG、nestchart(为了做多层嵌套图表而设计新按钮,在论文中并未涉及,是后期加上的实验性功能)、Guide(辅助线)、PlotSegment(图表分块)、Scaffold(布局脚手架)。与数据绑定的交互一致,这些按钮都遵循拖拽的方式使用。

以上面的弦图为例,简单介绍Charticulator的用法。

一、整理数据   

1.连线信息(基因与信号通路的对应信息),如下图所示

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2.节点信息(统计每一通路对应基因数目,以及每一基因对应的通路数目,基因表达水平分类,节点类型),如下图所示

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注:id为基因名或通路名称,total为通路对应基因数目或基因对应的通路数目,C、H7、H14基因在不同样本中的表达量水平(1为中表达,0为低表达,2为高表达,3为通路),type为节点类型(gene或pathway)

二、导入数据

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三、绘制弦图,在绘制弦图前首先捋清楚弦图的各个元素,并排列各个元素的优先顺序,类似PS中的图层。

1.连线links

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注:Attribute区Type可调整连线样式

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最终连线样式:

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2.添加基因矩形

由于还要突出不同样本的基因表达量水平,因此优先绘制基因矩形,基因矩形的叠加顺序从下至上依次为外圈、中圈、内圈

(1).外圈

attachments-2022-06-GeB1kELt62a96cd95d9dc.pngattachments-2022-06-9HdD4YPN62a96ced3ddcc.pngattachments-2022-06-fwci2dr462a96d01f2fd3.pngattachments-2022-06-MOyDIIvg62a96d0c4086e.pngattachments-2022-06-1a2rbZyF62a96d19502f8.pngattachments-2022-06-rdmzJ9LK62a96d2504aa8.png

(2).重复1,2步骤,添加中圈矩形

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重复4,5步骤来填充中圈颜色,可添加矩形边框

(3).内圈同上

效果如下

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3.添加通路矩形

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4.调整links颜色与通路颜色一致

调整后效果如下

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5.添加基因与通路名称

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最后调整文本大小,使其相适应

效果如下

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注:标题node可通过layers区进行修改删除

attachments-2022-06-ssRi286v62a96dca60035.png

四、结果图导出,可保存为不同格式。

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svg格式可通过AI进行细节修改,比如为连线添加边框线。

最终结果图如下

attachments-2022-06-FTegPCnl62a96de479ed0.png

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除弦图以外,该工具还可绘制多种图形,以下为一些样式图:

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  • 发表于 2022-06-15 13:29
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  • 分类:软件工具

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