转录组分析时,影响差异基因数量的因素有哪些?

     差异基因的筛选是基于统计学意义的,不能直观的通过两个数值的大小判断差异基因的是否。 首先:受测序深度的影响,有些样品的测序深度较深,可能导致该样品的readcount数值较高,做差...

    转录组分析时,差异表达基因的筛选标准一般为:Fold Change 大于等于2且FDR小于等于0.01,如果差异表达基因数量太少可以适当降低标准,差异表达基因数量太多适当调整。还有那些因素会影响差异表达基因的数量呢?

第一:样品的处理,在取样时样品的处理很重要,处理之间(或者表型差异比较大)对差异基因的数量影响很大。


第二:生物学重复之间的相关性(也就是重复性),生物学重复之间的相关性越高,样品间的相似性就越高,组内的差异小于组间,差异分析结果就会更准确。



  • 发表于 2018-06-28 16:33
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  • 分类:转录组

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landy
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