omicsgene 的回答 - 组学大讲堂问答社区

0 赞同

CombineGVCFs报错：htsjdk.samtools.SAMFormatException: Did no...

这个报错没遇到过，新版的GATK不推荐用这个方法了，用：GenomicsDBImport 导入数据库，再 GenotypeGVCFs 具体可以看课程：https://bdtcd.xetslk.com/s/1VQOjQ

回答于 2024-01-03 10:40

0 赞同

sqlite数据库不需要任何配置，我们的镜像已经配置好了，直接使用即可, 不需要link docker run -it --rm --name annotation -v /home/super/Desktop/:/work omicsclass/genome-annotation

回答于 2024-01-02 10:57

0 赞同

你的GFF里面有些基因注释可能有问题，需要测试检查才行；看看 log文件中有啥提示没有

回答于 2024-01-02 10:55

0 赞同

检查命令行中带有$ 符号的变量是否设置正确

回答于 2024-01-02 10:54

0 赞同

如果完全相同，是基因组注释错误导致的，建议优化删除

回答于 2024-01-02 10:52

0 赞同

建议用filezilla 上传下载文件：https://www.omicsclass.com/article/560

回答于 2024-01-02 10:49

0 赞同

你用错镜像了吧，新课程已经更新了镜像，你也更新一下：https://www.omicsclass.com/article/2260

回答于 2024-01-02 10:46

0 赞同

对的 centos7也可以，只要安装了docker即可：https://www.omicsclass.com/question/6428

回答于 2023-12-29 16:01

0 赞同

蛋白序列的编码是不是有问题你检查一下：https://www.omicsclass.com/article/409

回答于 2023-12-29 15:59

1 赞同

docker使用教程都有的：https://www.omicsclass.com/article/1181

回答于 2023-12-29 15:06