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MCScan进行基因共线性分析的原理是怎样的？
共线性分析的原理，这里可以简单的说明一下：例如这里有两个基因组分别来自不同的物种，将两个基因组当中所有的基因互相用blast比对，然后MCScanX会利用比对关系，发现基因组之间的共线性关系，例如下图，两个红方框之间有一串基因存在很强的同源性，且一一对应，那么就可以认为两个基因组之间的这两个区段存在共线性关系。...
回答于 2018-07-12 17:10
可不可以用转录组重测序的原始数据来分析其中microRNA等ncRNA的...
lncRNA 为长链非编码RNA，长链非编码RNA有带polyA结构的，也有不带polyA结构的，常规的转录组mRNA建库会使用ployT磁珠筛选mRNA，理论上那些带ployA尾巴的lncRNA也会存在于普通mRNA转录组测序的数据当中，是可以分析这部分内容的，但是会丢掉很多lncRNA的信息。通常测lncRNA公司会建议多测一些数据，以检测那些表达量较低的l...
回答于 2018-07-12 10:19
picard.jar安装，已从网站上下载picard.jar 2.6.0运行jar -O pic...
jar结尾的java软件应该是这样使用，不知道你的-O是啥意思： java -jar /share/work/biosoft/picard/picard-tools-2.1.0/picard.jar 使用之前多看看帮助：
回答于 2018-07-10 11:41
安装StringTie最后执行./stringtie出现Error: no input file pro...
命令后面 （stringtie）后面应该跟一些输入输出参数，你什么都不给它，当然会报错，提示没有输入文件了。它（stringtie）都不知道要干什么，建议查看一下帮助，如何使用。
回答于 2018-07-10 09:29
怎么安装虚拟机
安装虚拟机，可参照我们网易云课堂：《Linux生信分析环境搭建》课程有详细说明. 如果安装遇到问题，可在我们网站上搜索答案，或者阅读 这篇文章后再提问：https://www.omicsclass.com/article/82
回答于 2018-07-08 09:50
R 语言批量做相关性分析correlation
可以把每个基因的转录组和蛋白组的表达数据整理成一个表格，每一行代表一个基因，例如我下面的表格整理了，转录组和 蛋白组的表达数据，左边8列是蛋白数据，右边8列是转录组数据，需要对每一行求相关性； 可以做蛋白质组和转录组之间的相关性。 corResult=apply(fpkm,1,function(x){ cor(x[1:8],x[9:16],method="spea...
回答于 2018-07-06 15:04
超大的文本文件如fasta，fastq文件在windows中如何打开
这里推荐pilotedit软件（下载地址：http://www.pilotedit.com/index.html），专门用于windows当中打开超大文本文件，免费版本就可以打开最大10G的文件；收费版本甚至400G的文件都么有问题； 如果在linux当中就简单多了，用less命令就可以。 更多fastq说明《illumina二代测序原理及fastq视频课程》 更多生物信息课...
回答于 2018-07-06 10:44
预测序列cds区域或者ORF的在线网站？
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/ 只是知道，没用过，用过的可以留言交流。
回答于 2018-07-05 14:05
差异基因分组做维恩图如何得到共有基因特有基因列表等等
这里介绍一个绘制韦恩图的R包Vennerable 可以实现，例如绘制维恩图代码： library(Vennerable) data(StemCell) w <- Venn(Sets=StemCell[1:2]) plot(w, type="circles") 例如，我想得到韦恩图当中，219,404,875背后的基因ID信息，这些信息都存储在w这个变量中： 其中01变号就对应了不同的分组基因的数量，...
回答于 2018-07-04 12:11