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Ka/Ks结果分析问题

这个问题没有遇到过,你看看kaks的定义决定取舍吧: kaks dnds 是什么:https://www.omicsclass.com/article/699

回答于 2019-04-17 12:09

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基因家族提取用hmmsearch --domtblout result.txt --cut_tc zf-C...

你的当前目录应该没有写的权限,你可以重新挂载一个新的共享目录试一下,设置的时候千万不要勾选只读。

回答于 2019-04-16 09:06

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用 domain_xulie.pl 提取 domain.fa 时文件为空,请老师指点一下

result文件第一列ID和pep蛋白序列文件里面的ID是不是不统一?

回答于 2019-04-16 09:04

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老师,我在绘制基因在染色体上位置的图片时,5号和10号染色体飞...

看看这个,mapchart不支持很大的数据,等比例缩小一下就可以了;:https://www.omicsclass.com/question/1531

回答于 2019-04-12 16:54

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blast比对寻找基因家族

课程里面有讲解,可以学习以下课程,就可以鉴定基因家族了; 学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读

回答于 2019-04-12 13:53

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已有一段序列及相应的氨基酸如何blast基因组中的基因家族

blast正常搜索就可以,blast的用法在我们基因家族课程里面有的。 先建库再比对就可以了;  学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读

回答于 2019-04-12 13:52

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物种间共线性分析染色体不显示字母

python版本的:mcscan会自动去除染色体名称中的字母,你可以用Adobe illustrator 打开PDF文件,进行修改一下就可以;

回答于 2019-04-12 13:50

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老师好,我按照您的代码用itol做的外层圆环只有一种颜色,想呈现...

可以试试用这个软件添加分组,个人觉得更好用:https://www.omicsclass.com/article/671

回答于 2019-04-12 08:54

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你好,我目前正在用WGCNA但不知表达矩阵怎么构建?

可以学习一下这个课程,里面有代码可以自己实现:学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析 如果没有R语言基础可学习:R语言画图、R语言快速入门与提高

回答于 2019-04-12 08:52

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老师,我利用脚本得到对应基因的蛋白序列: perl script/get_fa_...

基因家族已经更新,需要到前两节中重新更新脚本,建议重头开始看视频; 看视频要仔细: linux基础不好要学习:linux系统使用、biolinux搭建生物信息分析环境、linux命令处理生物大数据

回答于 2019-04-11 19:45