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基因家族转录组数据

你用同一套参考基因组就行,不要用两个基因组。 转录表达用二代数据做表达量就好了;

回答于 2019-04-03 08:55

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老师,我想问一下,怎么将多个物种一起构建进化树。比如说构建向...

把这些物种基因组内的NBS基因的蛋白序列放在一起多序列比对,然后构建进化树就可以了;

回答于 2019-04-02 17:43

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FileZilla Client出错

如果是服务器一般开头:sftp://  后面跟IP地址。 再有检查IP地址和端口号是否写错;

回答于 2019-04-02 17:42

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如何筛选阈值来作为潜在的成员来做第二次的hmm筛选

要进行二次搜索,需要重新建立结构域hmm模型,建议选取可靠完整的结构域建立hmm模型。hmm搜索结果说明见:https://www.omicsclass.com/article/499 基因家族数量,建议看看相关文献;

回答于 2019-04-02 17:40

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导入Bio-linux时报错E_FALL(0x80004005) 求老师解答,谢谢

在电脑的BIOS中把CPU的虚拟化打开一下 参考:https://www.omicsclass.com/article/78 

回答于 2019-04-01 21:28

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如何用hmmer软件中的hmmbuild程序构建MAPK的隐马尔科夫模型(HMM...

基因家族课程里面有这部分课程:学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读

回答于 2019-04-01 10:26

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基因串联

1.可以用全基因组的方法,就是MCScanX分析的方法; 2.blast方法,串联重复与大片段复制定义如下: Gene duplications are considered to be one of the primary driving forces in the evolution of genomes and genetic systems [22]. Duplicated genes provide raw material for the generation of new genes, which, i...

回答于 2019-04-01 10:24

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blast进行复制基因查找分析

1.可以用全基因组的方法,就是MCScanX分析的方法; 2.blast方法,串联重复与大片段复制定义如下: Gene duplications are considered to be one of the primary driving forces in the evolution of genomes and genetic systems [22]. Duplicated genes provide raw material for the generation of new genes, which, i...

回答于 2019-03-30 23:00

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老师,两个物种间共线性分析报错了,该怎么解决呢

bed文件和blast文件里面的ID对应吗? 可以把输入文件都head截图一下,重新更新问题;

回答于 2019-03-29 08:58

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如果计算kaks结果文件里没有ka ks值,但有Divergence-Time得值...

不能直接拿来用,分离时间还需要知道物种进化过程中的突变速率,详情见:https://www.omicsclass.com/question/896

回答于 2019-03-28 13:19