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老师,我提的GFF文件里面的mRNA2geneID.txt与要去除冗余的基因名...

NCBI上的 gff ,cds,pep蛋白序列ID经常不统一,所以对应起来比较麻烦,建议你换个地方下载基因组文件。 或者自己手动或者编写程序对应一下;

回答于 2019-05-09 09:07

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老师,我用perl script/select_redundant_mRNA.pl去除冗余,结果...

你的转录本ID 和基因与转录本对应文件里面的ID不一致,你看看: 所以脚本找不到对应的ID

回答于 2019-05-08 13:14

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如何确定ORF的长度

可以参考这个了解一下,可能对你有帮助:https://www.omicsclass.com/article/805

回答于 2019-05-08 09:12

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老师请问gff文件提前mRNA的id不是数字,是字母,是不是脚本需要...

脚本会读取ID和Parent信息,读取正确,不需要更换:

回答于 2019-05-08 09:09

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老师,我用perl script/select_redundant_mRNA.pl去除冗余,最后...

输入的文件都截图看一下; 输入的文件可能有问题;

回答于 2019-05-07 15:42

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你好,请问做顺势作用元件分析时,小麦分染色体提取时,怎么每条...

把输入文件内容截图我看看,不然分析不出哪里出问题了;

回答于 2019-05-07 08:55

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MCSCAN

blast那个只是警告,不是报错,不影响分析结果的;

回答于 2019-05-06 12:06

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老师,您好,我在做序列比对时,两个在不同染色体上的不同基因CD...

或者基因组注释错误,你自己检查吧

回答于 2019-05-05 11:49

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老师您好,请问用MEME分析Motif时,生成的motif的logo图片中,纵...

A sequence logo consists of a stack of letters at each position. The relative sizes of the letters indicate their frequency in the sequences. The total height of the letters depicts the information content of the position, in bits. 参考这里:https://en.wikipedia.org/wiki/Sequence_logo

回答于 2019-05-05 11:47

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在用tbtools计算基因对的KAKS时,出现了KS值大于1的情况,这种情...

没用过tbtools计算Kaks你可以了解一下kaks :https://www.omicsclass.com/article/699

回答于 2019-04-30 12:40