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请教：基因与mRNA的对应关系分析不正确
这种情况 你需要自己编写程序 根据gff文件的内容把基因的ID于蛋白ID修改一致； 脚本参考：https://www.omicsclass.com/article/566
回答于 2019-09-16 13:12
基因家族成员命名
不同的家族命名方法不一样，一般按照家族成员在染色体上的顺序依次编号； 你可以再看看你研究的家族在其他物种中是如何命名的，查阅相关文献参考一下： 可参考基因家族文献解读命名方法
回答于 2019-09-16 12:47
如何针对没有基因组，只有无参转录组数据，鉴定筛选一个基因的家...
没有基因组，不知道基因在哪个染色体，无法分析共线性，染色体分析； 单个基因分析可以用NCBI的CDD：https://www.omicsclass.com/article/310 有蛋白质序列就可以按照课程来分析；无参的关于染色体的分析都无法分析；
回答于 2019-09-13 20:55
就是在学习RNA-Seq数据差异分析时，出现上调和下调都为0的情况，...
可以适当降低差异倍数和 fdr的值重新筛选一下差异基因； 如果还是没有的话，说明对照和实验组本身就没有差异，或者处理对基因的表达没有影响。
回答于 2019-09-13 19:54
基因在不同组织的表达量做热图
表达量热图和fold change没有关系，是基因表达量。 绘制基因表达量热图需要知道基因在不同组织中的表达量fpkm值就可以绘制； 转录组知识不了解建议学习：转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 绘制热图可以学习R语言：R语...
回答于 2019-09-13 19:52
老师请问我想解压.rar文件，然后在网站http://www.rarsoft.com/d...
权限有问题，你可以加sudo提升权限，或者用root账号； linux基础不好建议学习：：linux系统使用、biolinux搭建生物信息分析环境
回答于 2019-09-13 19:47
关于基因家族共线性分析：MCScanX和circos都可以做共线性分析，...
MCScanX是做共线性的额，circos只是绘图美化，你再看看视频，建议不要快进看；
回答于 2019-09-12 09:20
老师您好，我做共线性分析时，只生成了一个PDF文件，没生成karyo...
输入文件有问题，查看一下各个文件中基因ID，还有染色体是不是一致。 又或者物种差异太大，没有共线性关系；
回答于 2019-09-12 09:18