omicsgene 的回答 - 组学大讲堂问答社区

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MAGE建树问题

构建进化树输入的是序列的比对文件，你的文件就不是序列；报错正常的；

回答于 2020-04-27 11:08

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建议不要从NCBI下载基因组，因为NCBI上的基因组会对基因ID，染色体等重新编号，使用起来非常麻烦；你可以到其他地方下载基因组。

回答于 2020-04-27 11:07

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不一样，你要是不懂脚本，就没法完成；你想办法弄一致吧

回答于 2020-04-27 11:06

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ID里面不要出现特殊字符：比如/ 修改下试试吧；

回答于 2020-04-27 11:05

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检查这个变量里面的数据是否有问题：

回答于 2020-04-27 11:03

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你先了解一下自己的基因家族特点吧，多读读文献；如果必须要5个结构域，你这种情况就删除

回答于 2020-04-27 10:50

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是的，我们的脚本只识别ID：

回答于 2020-04-27 10:49

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得到蛋白序列，后续可以做进化树，基因结构，meme motif等分析：https://www.omicsclass.com/article/525

回答于 2020-04-27 10:47

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具体方法可以参考这里：https://www.omicsclass.com/article/493

回答于 2020-04-27 10:46

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mcscanX也可以做比较基因组分析见：https://www.omicsclass.com/article/275 或者用python版本的mcscan：https://www.omicsclass.com/article/284 我们基因家族课程里面都有讲解：

回答于 2020-04-24 13:21