omicsgene 的回答 - 组学大讲堂问答社区

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老师，请问做基因上游顺式元件分析时，只有cds文件，gff文件和pe...

promoter序列为基因上游的序列，基因在基因组上，找到上游序列需要知道基因在基因组上的位置，然后取截取：我们基因家族分析课程里面有详细介绍和操作方法：学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读

回答于 2020-04-20 11:25

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我们组学大讲堂提供的biolinux里面已经安装：https://www.omicsclass.com/article/526 Kaks_calculator

回答于 2020-04-20 11:23

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直接运行就好了；

回答于 2020-04-20 11:22

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默认的有顺序，你可以把group_list 创建成有序因子

回答于 2020-04-20 11:22

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检查输入文件格式是否正确，比如hmm文件；软件是自己安装的？还是biolinux自带的如果是自己安装的hmmsearch 可能是软件安装问题；

回答于 2020-04-20 11:20

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表达量太低的话取log 可能出现负值的；

回答于 2020-04-20 11:19

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笔记本电脑应该分析不了，建议自己配置一个服务器吧：https://www.omicsclass.com/article/1171 建议：内存30G以上，存储看你的样品了12个样品至少1T以上的存储吧，CPU越快越好；

回答于 2020-04-20 11:17

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分物种了，可能你的物种共线性差，自然就少了

回答于 2020-04-20 11:15

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建议用基因的保守结构域序列比对构建进化树

回答于 2020-04-20 11:14

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可以看这个课程：https://www.omicsclass.com/article/1171 里面有安装Linux的内容

回答于 2020-04-17 11:41