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下载甲基化数据时找不到样本类型,

这个变量按照下面的提示更改一下试试:sample_type<-Primary Tumor  |tissue.code |shortLetterCode |tissue.definition                                 ||:-----------|:---------------|:-------------------------------------------------||01          |TP              |Primary Tumor                       ...

回答于 2020-06-28 17:41

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老师,请问sample type出现这种情况怎么解决,麻烦老师解惑一下...

按照提示设置这个试试:sample_type <- "Primary Tumor" 

回答于 2020-06-28 17:38

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今天python版本的MCscanX在用于比较基因组学分析时突然出了问题

看你的文件格式应该都对的额, 你检查一下你两个bed文件最后是不是又空行,如果又得话空行删除一下试试; 

回答于 2020-06-23 17:51

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大牛好,我用conda安装了perl之后,然后调用perl的时候报错说我...

bioperl conda 安装方法: conda install -y perl-bioperl linux新手建议学习课程,里面有linux操作基础软件安装等等: linux系统使用 想省事避免安装软件,可以学习docker虚拟机: https://bdtcd.xetslk.com/s/3Rcvt0

回答于 2020-06-23 09:58

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果实发育时期的转录组热图中,有几个基因在各个时期均表现低FPKM...

感觉有误可以重新做实验,加大生物学重复,取样要仔细; 或者做qpcr验证一下;

回答于 2020-06-22 17:37

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用TBtools绘制两个物种的进化树+motif+基因结构三连图时报错问题

你的基因组注释文件GFF是不是弄错了,既有拟南芥的基因,又有水稻的基因;

回答于 2020-06-22 17:35

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一个基因,在实验组fpkm大于1,对照组fpkm小于1,有人说fpkm大于1...

一般做差异分析的软件会帮你考虑这些问题,比如DESseq2做差异分析就会过滤掉地表达的基因。

回答于 2020-06-22 17:34

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请问HMM搜索,对于无蛋白文件的基因组,可以对实验室自有的转录...

hmmer一般搜索蛋白的结构域,你只要有蛋白序列就可以搜索使用;

回答于 2020-06-22 16:56

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circos

circos是用了绘制圈图的,你这个不是圈图绘制不了; 建议你用mapchart软件绘制柱子,再用AI编辑一下就好了:https://www.omicsclass.com/article/397

回答于 2020-06-19 10:24

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进化树+motif+基因结构采用之前课程中介绍的TBtools把三者合成一...

上下左右拖动一下拉开一下; 或者导出pdf用AI修改编辑一下;

回答于 2020-06-18 09:53