4156 个回答
0 赞同
请问一下老师 学长让我在五条序列里挑一条结构域完整的 我不清楚...
先看看详细了解家族的结构域特点，再用hmmer搜索搜索一下就知道完整与否了； https://www.omicsclass.com/article/310 CDD搜索： https://www.omicsclass.com/article/877 pfam数据库
回答于 2021-03-03 14:54
0 赞同
0 赞同
0 赞同
0 赞同
请问扩增子分析的时候保留多少条OTU/ASV比较合适？
不同实验的环境样本，物种复杂度与微生物的数量是不一样的，这个一般是不定的； 环境越复杂，微生物数量多，相应的OTU/ASV相应就对，反之则少； 一般建议过滤掉稀有OTU，丰度小于总测序量的万分之五过滤掉；Bokulich et al., 2013 https://www.nature.com/articles/nmeth.2276?report=reader
回答于 2021-03-01 11:14
0 赞同
0 赞同
0 赞同
0 赞同
0 赞同
基因家族成员筛选
这些结果也可以保留，也可以删除，文章方法部分说明就好；例如这篇NBS基因家族文章就保留了： Lozano et al. BMC Genomics (2015) 16:360 DOI 10.1186/s12864-015-1554-9
回答于 2021-02-24 16:02